“纽约末日”以后，当时的美国当局停止了大范围的调查，通过打消银杏生物科技公司在美国各处的研讨机构，调派职员进入赤域等手腕汇集了大量谍报信息，可惜这些谍报信息还没来得及阐扬感化美国当局就垮台了。作为美国最后一任总统的约翰.威尔顿怀揣着这些首要谍报信息开端了他传奇式的后半生，他四周驰驱，联络各个州的武装构造和处所军阀，组建了阿美独立国度结合体当局。
随后叶洪毅少校被指派参与了塑源打算的二号计划，他所能体味到的东西就更多了。起首，“源发物”是银杏生物科技公司对病毒泉源的称呼，不过它详细是个甚么东西谁也不晓得。而“源发物质”则是一种通过尝试获得的物质，这类物质具有“源发物”的某些特性。
结合体当局在以后的几十年里经历了快速生长、由盛转衰、风雨飘摇等阶段。在最危急的时候，作为结合体当局元首的约翰.威尔顿决定操纵手中的谍报信息实施一个孤注一掷的打算――找出“赤魔病毒”产生的泉源，把握节制病毒的技术，这就是“溯源”打算的由来。
这下叶洪毅少校坐不住了，他当时已将翔宇和伊芙视为后代般的存在，他想了各种体例制止两人成为实验品，包含让翔宇去偏僻的处所停止实战练习，为伊芙申请封闭式的间谍培训课程等。
塑源打算堕入了进退两难的地步，迫于无法启动了二号计划。同时，研讨职员不再冒险将残剩的两名超能者作为尝试工具，转而将目标对准了其他幸存的74名兵人尝试体――此中当然包含翔宇和伊芙。
本来遵循翔宇本来的想发，他将很快带伊芙分开赤域地区，他从贩子盖比那边采办齐托拉联盟的百姓身份也恰是为了这个目标。但获得叶洪毅少校遗留的信息后他窜改了打算，他决定再次进入赤域内圈，乃至深切伤害的赤域中间，他的目标有两个：一是找到“源发物”，完整治好伊芙；二是争夺获得更多的新种类基因组件，为今后的糊口堆集资金。别的如果能够的话，他还想趁便解弄清整件事的来龙去脉，比如说吉拉姆斯的目标，“新范畴”和“终究次序”比来表示非常的启事等等，不过他最想晓得的是少校为甚么会死在阿谁暗无天日的地下尝试室里，这点在少校遗留的信息中没有任何线索，仿佛被特地躲避了。
如果是报酬的话，我必然会为少校报仇的！翔宇捏紧了拳头。
少校啊，你冷静支出了这么多，却从不让我和伊芙晓得，是嫌我们底子帮不上忙么。解码仪前的翔宇现在感慨万千，缠绕在心头多年的谜团终究解开，同时也代表他正式接下了少校未能完成的目标，找到“源发物”，挽救伊芙的生命！