一次，吕布不谨慎获咎了董卓，董卓大怒，顺手抽出刀戟向吕布掷去，幸亏吕布，才得以幸免。当时，吕布并没直接顶撞董卓，而是当即向他赔罪报歉，董卓便不再究查，今后也底子没把这件事放在心上。
士孙瑞意在提示王允可借天时天时人和之机撤除董卓。王允同意士孙瑞的定见，但是考虑到董卓平时防备森严，并且他本人武力过人，如果不采纳周到办法，恐怕不易到手。因而，王允便物色了董卓的亲信吕布作内应。
董卓身后，王允在如何安排和措置他的旧部时，几次无常，态度极失慎重，而这恰是王允最后走向灭亡的最首要和最直接的启事。
初平三年（192年）四月，司徒王允、尚书仆射士孙瑞与董卓的亲信吕布共同暗害诛杀董卓。之前，王允前后与司隶校尉黄琬、尚书郑公业、执金吾士孙瑞等人多次商讨诛杀董卓的事情。
此中，越骑校尉伍孚对董卓的倒行逆施非常悔恨，发誓要亲手杀死董卓。一天，伍孚身藏佩刀，前来拜见董卓。扳谈结束后，伍孚便告别拜别。董卓起家出门相送，用手悄悄拍着伍孚的后背，表示出极其亲热的模样。伍孚瞅准机遇，猛地抽出佩刀向董卓刺去。因为杀民气切，用力过猛，失手没刺中关键。董卓大惊，仓猝奋力反击，并急呼保镳脱手相救，这才离开伤害。伍孚在与保镳斗争过程中，因为寡不敌众，被乱剑刺死。过后，董卓痛骂伍孚包藏祸心，不讲仁义。
而征讨董卓的斗争并没因为以袁绍为总盟主的关东联军撤退的停止，更是在关东诸侯在中原之地大打脱手的时候，长安城中针对董卓的刺杀也是层出不穷。
王允传闻后，派董卓旧部将领胡轸、徐荣在新丰迎击李傕、郭汜。成果徐荣战死，胡轸率部投降。李傕与樊稠、李蒙等围攻长安城，因城防坚毅攻而不克。后由城内叛变兵士指导凉州军入城，与守将吕布展开巷战，吕布兵败，仅率百余骑出逃。李傕等纵兵掳掠，吏民死者万余人，尸积满道。太常种佛、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀等被杀。
董卓回到长安后，威福更盛，盗用天子车服，并命尚书以下众官有子皆至其相府禀报。又以其弟董文为左将军，从子董璜为侍中、中军校尉，皆典兵事。大封其宗族，董氏襁褓中婴儿皆得封，男皆封侯，女为邑君。于长安筑郿坞（今陕西眉县东北），高、厚各七丈，此中积谷可用三十年。董卓又残暴好杀，诸将稍有言语差失，当即正法，又以背叛之名，大杀关中旧族。其倒行逆施引发朝臣激烈不满。
作为诛杀民贼的首要功臣，王允天然少不了朝廷的嘉赏和泛博群众的奖饰。因而，王允态度开端产生窜改，仿佛有些飘飘然起来：“连董卓如许不成一世的大奸贼都死于我的部下，我另有甚么可惊骇的呢？”他便对任何人、任何事情都无所谓，毫不在乎，乃至居功自大。“及在际会，每乏温润之色，杖正慎重，不循权宜之计，是以群下不甚附之。”每当群臣集会，王允很少像之前那样和大师推心置腹，共同参议权宜之计，而是正襟端坐，面无和悦之色。渐渐地，群臣也不再像之前那样推许和拥戴他了。
随后李傕和郭汜等人将统统凉州兵调集起来，誓师进发都城长安。因而李傕等披发“王允欲洗荡此方之人”的流言，到处说：“朝廷不赦免我们，我们该当搏命作战。如果霸占长安，则能够获得天下；攻不下，则掠取三辅的妇女财物，西归故里，还能够保命。”部下纷繁呼应，因而同郭汜、张济等人缔盟，率军几千人，日夜兼程，攻向长安。及至长安城下，已聚合十余万之众。