讣讯传至福建，隆武帝“震悼罢朝”，特赐谥“忠烈”，赠文明伯，并令在福州为黄道周立“闵忠”庙，树“复兴大功”坊；另在漳浦立“报忠”庙，树“复兴荩辅”坊，春秋奠祭。
大学士黄道周对此不堪气愤，随于首席大学士左懋第商讨以后，决定由左懋第持续留在福京帮手天子，而他则自告奋勇的请命督兵出福建，援助江西，并联络困于徽州大山当中的江天一部义兵，设法为朝廷翻残局面。
王威久在军中，又随王彦与清军比武，只道清兵的短长，而黄道周部下的兵马，明显不成能克服清军，因而他在送别黄道周的时候，向他建议，斥慢慢队，只带少数精锐，由巷子直接进入赣州，以大学士督师的名义，节制和变更湖广、西南等地的总督、巡抚、总兵，会师进取。
玄月尾，黄道周，出仙霞关，欲先救出被清军围困在徽州山中的江天一，但雄师进入徽州后，却蒙头转向，直到江天一被清军逼得遁走宁国府，去太湖投陈子龙，他才弄清楚，他的军队与江天一部，不过一山之隔。
东南之地风起云涌，鲁王起兵复杭州，被清军打得大败之际，福建隆武朝廷内，也因为郑芝龙拥兵自重，挟持朝廷，偶然进取，而与故意光复国土的隆武帝，冲突日渐激化。
十月初到达广信，黄道周仰仗小我声望，募得三个月兵粮，随分兵三路，向清兵建议打击，一起向西攻抚州，另两路北上分攻婺源、休宁，但三路皆败。
被王彦留在福京的王威，瞥见黄道周部下的兵将，多数是应募而来，贫乏作战经历，而黄道周本人也是个手无缚鸡之力的文臣，只是临时看了一些兵法，却向来没有批示过军队的经历。
时清廷派使洪承畴劝降，黄道周又写下如许一副春联：“史笔流芳，虽未胜利终可法；洪恩浩大，不能报国反成仇。”将史可法与洪承畴对比。洪承畴又羞又愧，上疏要求免道周极刑，清廷不准。
隆武帝与忠于他的大臣，在抗清上的布局，亦被清廷所发觉，时任清廷江西提督的金声恒，便非常害怕，赶紧上书多尔衮道：“主子细观南明陈兵之势，仿佛一常山之蛇，以浙东为首，江西为腹，湖南、广西、云贵为尾，敌害怕江南满洲，故于东南取守势，而乘主子江西兵力之单弱，意欲夺路而出，以震惊江宁，再者何腾蛟与广东王彦相连，拥重兵于上游，若此二人携雄师，以上攻陷，夺武昌，下九江，则江西不保，东南半壁亦一鼓而复矣。主子恳请皇父摄政王，发真满洲兵两万，与主子合兵一处，由赣南直捣闽广，斩其腰腹，使敌首尾不能相顾，则钱塘可一苇而渡，而后合力安定云贵，一统之业岂不易易哉！”
不久后，清军宁国总兵胡茂祯，池州总兵于永绶，徽州总兵李仲兴、芜湖总兵卜从善，密查道黄道周在婺源县境明堂里下营，随分三路围攻，黄道周部下，丧失数千人，余众分离，五百忠义营精兵，护着黄道周且战且逃，但清兵早有筹办，三面围攻之下，五百士卒全数战死，黄道周被清军俘获。
郑芝龙得知动静后，为朝中将少一个与他作对的老臣，而心中大喜，他唯恐黄道周窜改主张，立马备好一月钱赋税，但却不拨一名流卒援助。
洪承畴随杀黄道周，临刑前，道周望南而拜，痛声呼道：“臣黄道周拜别吾皇陛下。”他连拜九次后，痛涕道：“陛下啊～臣虽不能再驰骋疆场，为国立业，然忍耻被俘，也断无再生之理，臣死而无怨，望陛下重整朝纲，力挽狂澜，打扫奸雄，挥兵北进，圣朝安得无雪耻之日焉？愿陛下圣意果断，戒之，慎之。”言罢，再拜，而后端坐受刑。