明军船队东逃，清军战船天然扬帆追击，但明军船小而快，很快就同清兵拉开了间隔，只是本来冲在最前的火船，这时却慢了下来。
有先人对此赞曰：“镇江明清大交兵，多铎引军围水营。义士陷于险死地，烈火焚船争朝气。至死犹然骂虏狗，毓蓍不愧汉诸生。”
十万海军，三千多条大小战船，在经历两场失利后，左懋第身边已经不敷一万人，战船也只剩戋戋五百艘，是真正的十不存一。
清军战船怕被火船撞上，纷繁向两边退去，为水闸内的明军战船让开了一条活路。
火船上的明军，一部分跳水被救起，另一部分则被追逐而至的清军射杀，或是俘获。
这一次，多铎接收了方才，以及扬州的经验，勉强按住心中屠城的欲望，而是令士卒将城中百姓摈除出城后，才带领人马进入城中，驰骑四占，掠取财物。
“汝何人？”多铎问声不由大怒，一手指着王毓蓍道：“不惧死呼？”
江边的一幕，让多铎心中不是滋味，不由渐渐按下心中的那份骄狂。
这时左懋第还能批示的战船，已经不敷六百艘，底子不是清军海军的敌手，为了保住这最后一批战船，他随挂旗，令船队逆流东逃，直奔长江口而去。
这时天已经将黑，左懋第怕清军连夜杀至，不敢让船队进入吴淞江，而是夜泊于崇明岛，随时筹办再次奔逃。
王毓蓍的坐船被焚后，不幸被清兵抓获，成了百名俘虏中的一员，他听多铎之言，不由开口讽刺道：“蕞尔小邦，化外夷王，岂可受****士人之拜！”
合法东林之报酬此而群情纷繁时，却俄然有寺人出来禀报，天子正与马辅、兵部尚书阮大铖商讨要事，本日不再早朝。
这一场仗下来，清兵可谓大胜，不但击溃几十万明军，还完整节制长江水道，扫清了西取南京的停滞。
南都城中，弘光朝于七月三日得阮大请罪的奏报，言：“援扬失利，海军丧失惨痛，江防或亦不保，请朝廷速做应对之策。”
多铎见王毓蓍投水他杀，不由目瞪口呆。
七月四日天还未亮，诸多东林大臣便已经集结在宫门以外，等待上朝，可他们直比及日上三竿，也未比及宫门大开。
他想要招降诸人，就该作出礼贤下士，爱才如命的姿势，但这时贰心中已有高慢，便容不得俘虏们不跪，以是怒上心头，招降变成了责问。
“清狗！本日好叫尔晓得，吾大汉义士之烈！会稽王毓蓍去也！”王毓蓍傲然答道，而后不待多铎反应，便回身投入江中，没于滚滚江水当中。
未几久，世人才得知，阮大铖于昨夜仅带数百败兵奔到城外，连夜便入宫面圣去了。
王威见此，赶紧摔领战船紧随火船以后，升帆冲出水寨，左懋第亦是挂起令旗，让统统战船，乘机突围。
俘虏百余人，当场死节者二十余众，甚下的亦不肯意降清，被多铎令人殛毙，尸身抛入长江当中。
这时镇江失守，郑鸿逵身故的动静也渐渐在南都城内传开，东林一党同全部弘光朝廷顿时堕入一片惶恐失措当中。