并且水军的军纪极其严苛，乃至连马队都远远及不上，因为水战动辄舟楫数千，稍有不慎便会激发混乱，以是军士、船工、梢公须合作明白，各就其位，战船行进调剂须有严格规定办理。
当时的水军战法首要有三种，一是战船冲撞，操纵已方坚船打击敌舟关键部位，如划过舷侧断其长楫，冲撞船尾破其舵室，或拦腰撞其斗楼，毁其弩窗、矛穴，使敌船丧失部分战力，二是当狭路订交，舟楫相逢时，须以楼船士跳帮接舷作战，三则为火攻，但火攻不成轻用，须与天时天时紧密连络起来。
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卞范之立即劝道：“陛下，退不得啊，一退全军必乱！”
只不过，刘裕虽偶然追击桓玄，刘毅却建功心切，在刘裕入主建康的第十天，即蒲月旬日，刘毅找到了刘裕，说道：“德舆兄，现在建康初定，但桓玄仍未伏法。故毅请领水军攻打桓玄。必将活捉此獠，迎主上回镇建康！”
桓玄不悦道：“朕为九五至尊，怎可置身于险地？你究竟存的甚么心机？”
“这....”刘裕有了半晌的游移，只是拿不出合法的来由回绝，在看了看刘穆之。刘穆之略一点头以后。便道：“好。既然希乐故意，就让无忌随你同去，你若取下荆江。二州刺史可择其一！”
并且卫风摆了然是要篡夺荆江二州，固然刘裕很不乐意上游把握在卫风手里，但人家有气力，大破魏军也令刘裕心存顾忌，是以他并不肯意在阵脚未稳时过早与卫风产生抵触，更何况放走桓玄也不是一点用都没有，桓氏在荆襄运营数十年，卫风想获得荆州，总不能悄悄松松，说不定还能磕掉大门牙呢！
桓玄主政时，事无大小，亲历亲为，寻求完美，天然也要求臣下不得有一丝缺点，在给他的奏章中，即便是发明一个错别字，最起码也要罢官罢免，底子谈不上量才任命，而刘裕一改桓玄弊端，他不干与政令改革，秉承用人不疑，疑人不消的指导目标，并把政事完整拜托给了刘穆之，除此以外，还一力皋牢高门甲族。