146（156）本厅刑事爱情物语（前篇）
215（231）复仇海滩（前篇）◆
84（87）滑雪别墅杀人事件（前篇）
56（58）洁净车杀人事件◆
214（230）怀古饭店的奥秘事件◆
43（44）江户川柯南诱拐事件
20（21）鬼屋杀人事件
191（206）危命的重生黑衣骑士S/X
114（120）有氧潜水杀人事件（前篇）
33（34）侦察团生还事件◆
179（193）咖啡厅卡车撞入事件◆
126（133）观光剧团杀人事件（前篇）◆
210（226）五彩传说的水中豪宅（前篇）◆
188（203）危命的重生洞窟中的侦察团
107（113）鼹鼠星人之谜事件（前篇）◆
79（82）银行强盗杀人事件◆
34（35）山庄绷带怪人杀人事件（前篇）
30（31）不在场证明杀人事件◆
217（233)目暮警官尘封的奥妙（前篇）
149（159）游乐土高空弹跳事件◆
147（157）本厅刑事爱情物语（后篇）
194（209）意味深长的八音盒（前篇）
199（214）怀疑犯毛利小五郎（前篇）
122（129）浴室密室事件（后篇）
166（177）鸟取县蜘蛛第宅的怪事（事件篇）X
35（36）山庄绷带怪人杀人事件（后篇）
140（150）SOS！步美传达的讯息◆
209（225）龙神山坠崖事件◆
29（30）计算机杀人事件◆
110（116）烹调课堂杀人事件（前篇）◆
69（71）暗夜男爵杀人事件（迷惑篇）
108（114）鼹鼠星人之谜事件（后篇）◆
15（16）消逝的尸身杀人事件
70（72）暗夜男爵杀人事件（处理篇）
18（19）六月新娘杀人事件
195（210）意味深长的八音盒（后篇）
92（95）可骇登山杀人事件（前篇）◆
139（149）终究播映杀人事件（后篇）
1.下方“分集剧情”列表中，“★”标注表示加长版特别篇（参考下文“加长版特别篇”部分），“◆”表示动画原创（即漫画原作中没有的），“B”表示呈现黑衣构造，“F”表示呈现FBI，“C”表示呈现CIA，“S”表示呈现工藤新一，“X”表示呈现服部平次，“K”表示呈现怪盗基德。（重视不要将标注与动画称呼相混合）关于主线剧情的环境，请参考下文“主线剧情简介”部分。
87（90）白鹤报恩杀人事件◆
192（207）危命的重生新一返来了S/X
80（83）流浪画家杀人事件◆
198（213）超等跑车的圈套（后篇）◆
115（121）有氧潜水杀人事件（后篇）
112（118）帝丹小学七大古怪事件
159（169）诡异的五重塔传说（前篇）◆
138（148）终究播映杀人事件（前篇）
6恋人节杀人事件◆
141（151）结婚前夕密室事件（前篇）X
@1996年（1~42）
151（161）汽车爆炸事件的本相（后篇）◆
53（55）奥秘凶器杀人事件◆