朱元璋让徐达撤离武昌，他要规复和保持明军在江西已经胜利的职位，则只能让陈友谅在湖南湖北重塑他的武装。
陈友谅的脾气本就暴躁易怒，俘虏的陈述敏捷激愤了陈友谅，他筹算用手头的军队去击打明军，陈友谅动用了十万人，并且批示舰队向下流.行驶，他和他的舰队在1360年6月到达承平。
同是洪武五年，春，征虏大将军徐达领兵穿越戈壁远征蒙古，他与蒙古政权下最大的武装权势扩廓帖木儿的雄师在外蒙古相遇并展开决斗，但此次徐达的远征遭到惨败，明军丧失“无虑数千万”。
1356年3月，朱元璋率兵攻打南京，元朝廷留在南京的戍军不敷，很难戍守。只颠末一天的苦战，朱元璋便胜利突入南都城内，南京批示官陈兆先率蒙古三万雄师投降，朱元璋将南都城由集庆改名为应天府。
朱元璋正令大将邵荣出兵光复处州，邵荣是明军中最高将领，其职位乃至高于徐达与常遇春，当时，邵荣正奔赴处州，而李文忠也不成能获得邵荣的援助。
陈友谅在九江摆设本身的水军迎战，在朱元璋飞行的途中，明军从两侧包抄汉军战线，陈友谅丧失了一百多艘大小战船，但他本身避过朱元璋的耳目，溯江而上去了武昌。
朱元璋同意这个前提，不过他要求胡美马上放弃南昌，并要求胡美去明军主力军队中退役。
这一仗明军俘虏汉军海军五万人，最后朱元璋携陈友谅海兵舰队和战俘回到南京。
按照洪武天子的唆使，洪武三年八月，明帝国停止了洪武朝的第一次科举，同时也是全部大明王朝的第一次科举测验。但这一次开科取士选出来的新科进士们朱元璋以为他们都太墨客气，因而洪武天子又命令停止了科举测验。
邵荣和赵继祖被正法，今后明军的初级将领都开端各抒己见，自在颁发心中定见。
陈友谅死了，朱元璋努力于光复和兼并畴昔属于汉政权的地盘，此中包含江西和湖广。
1364年，明汉胜负已分，张士诚接着就成了明军的死敌。当明军的主力军队在长江南岸四周征讨之时，张士诚恳意不决，漏过了一次又一次呈现的天赐良机。
次年，也就是公元1364年，朱元璋开端推行一种全新的标准的军队体例表，他将畴昔野战军中各翼元帅府改称为‘卫’。‘卫’的体例为五千人，再分红一千人一组的千户所，千户所再拆分红百人一组的百户所。
1359年11月，朱元璋亲身到金华统兵，当年12月，他建立了浙东行中书省。12月3日，胡大海自元军手中篡夺了处州。
陈友谅畏缩武昌，徐达封闭陈友谅，这场封闭从1361年9月持续到1362年4月。
1364年明军改制，在明军中退役的老兵，即朱元璋在攻打陈友谅的时候亲身带领过的主力兵士被分拨成17个卫，这个个人的老兵被准予能够完整退休。其他军队的人则被派去南京地区搞军屯，明军在春季里停止休整或劳动。在此以后，朱元璋本人不再卖力详细的军事批示事情。
朱元璋远在长江上游，这时候苗军内部开端互通动静，筹办兵变。
1367年11月，朱元璋公布同时南征和北战的指令，徐达和常遇春合作带领二十五万雄师去征服北方，而胡美带军进入福建，汤和与廖永忠带海军本地岸南驰，从海长打击福建和广东。