1363年，陈友谅集结新的舰队卷土重来，他预备重现1360年汉军自长江溯流而下的光辉，可惜事与愿违，此次他被围困南昌城三个月，并且他的水军在鄱阳湖被全数摧毁。
次年，也就是公元1364年，朱元璋开端推行一种全新的标准的军队体例表，他将畴昔野战军中各翼元帅府改称为‘卫’。‘卫’的体例为五千人，再分红一千人一组的千户所，千户所再拆分红百人一组的百户所。
但在朱元璋分开南昌以后，他才恍然警悟胡美的这两个部下祝宗和康泰一向反对胡美投降，等明军雄师队分开南昌城，祝宗和康泰就突袭了南昌，他们用炮火轰掉城门，并洗劫了南昌城池，守将邓俞被迫逃离南昌。
明汉的决斗就如许结束了，陈友谅的季子陈理被陈友谅余部张定边带走，他在逃回武昌的时候，让陈理登上帝位。
1364年，明汉胜负已分，张士诚接着就成了明军的死敌。当明军的主力军队在长江南岸四周征讨之时，张士诚恳意不决，漏过了一次又一次呈现的天赐良机。
明将领花云拒不投降，他带领三千明军在承平奋力抵当了三天，陈友谅落空耐烦，用舰队中的大船去进犯承平城垣，最后花云被俘，但回绝顺降，捐躯于此战中。
明军一面要制止张士诚，一面要看住陈友谅，同时还要拿下江西，这一行动战线太长，非常伤害。
邵荣是朱元璋在最夙起事时的老火伴，他在明军将领中身居高位，但他并非赫赫驰名。邵荣从苗人手里光复处州是他近几年来第一次独立作战的成果，当邵大将军的军功不被明军中的大部分人承认的时候，他滋长了背叛的情感。
同是洪武五年，春，征虏大将军徐达领兵穿越戈壁远征蒙古，他与蒙古政权下最大的武装权势扩廓帖木儿的雄师在外蒙古相遇并展开决斗，但此次徐达的远征遭到惨败，明军丧失“无虑数千万”。
到1360年开春，朱元璋的明政权领地为江苏一部分，长江以南的全部安徽，及浙江本地部分。这些处所的总人丁在当时大抵是780万摆布。
洪武五年之前，明军又征服了三个省，山西、陕西和四川。四川是明朝获得的最后一块国土，明军对四川的征服并没有使他们在西南初创个新的安稳的期间，相反的是，明军背面对西部和南部地区的非汉族的其他民族展开了一系列绥靖战役。
朱元璋决计迎战，他要诱陈友谅登陆，并引陈友谅去指定地点，打伏击战。等陈友谅的海军到了大胜关，这里港汊太窄，大船不能停靠，他又怕赶上埋伏，因而命令向长江返航。
这一次朱元璋将当前时政题目引入殿试，在背面的科举测验中，他将测验分红三场，内容别离是：《四书》与经义一道，论一道，策一道。
1362年2月，朱元璋主力军队开进南昌，他实际上接掌了陈友谅在江西的政治职位，也顺利接过了这里的主宰大权。
期间常遇春曾经试图突袭杭州，但未胜利。同一期间，方国珍和他的舰队持续节制浙江的东部海岸。
1361年，朱元璋向长江上游进军，他将陈友谅赶出九江。但朱元璋在还没完整占据江西的时候就分开了南昌，南昌产生兵变，朱元璋只能调回武昌的军队来弹压南昌的兵变。