回到宫里后，他叫来了魏忠贤。因为碧云寺的事，他确切是不喜好李三才，但本日朝上的事他感到有些奇特，当时他问王德完为何反对用李三才时，王德完的答案是恐招致物议。这个答案不但是朱由校，就是随便一个小寺人都是不会信赖的，大明朝的文官向来没有人会惊骇物议的。以是魏忠贤来后，他让魏忠贤细心查一下是如何回事。
然后八旗敏捷渡河来到南岸，包抄了陈策和童仲揆带领的浙江营。这时从集奉堡来援的朱万良和姜弼带领的三万雄师却安营于不远处的白塔铺，只派了三百马队意味性表示一下，看到八旗兵过来，立即就逃脱了。
努尔哈赤又派人打了皋比驿和王大人屯，也没有获得甚么便宜，这让大明的军官们感觉建奴也不如何样呀，放松了警戒。但是在三月初十时，建奴开端攻打沈阳。因为前面的启事，其他处所的明军感觉沈阳守得住，以是袁应泰派出的援兵，也就慢吞吞地上路了。
天子下旨：辽事会勘已明，熊廷弼力保危城，功不成泯，因言求去，情有可原，今中外多事，朝廷用人方急，仍议及时起用，觉得劳臣任事者劝。
兵部上奏说：自古大将胜利，必假之以不御之权，乃得展其筹划。请天子赐袁应泰尚方剑，朱由校感觉有事理，就承诺了。
朝廷罢了熊廷弼后，要袁应泰接任辽东经略，袁应泰本来是不想干这个经略的，只是他推让不掉朝廷的任命，因而只好接任经略。到任后，他先是大力清算辽东军队，上任就砍了将领何光先，又夺职了李名誉等数十人。并且上表参总兵贺世贤，以为他行动失措，应当升级奖惩，念在曾有功绩，临时免罚，应撤职戴罪建功，又要从别的处所抽调兵将镇守辽东，又要朝廷发饷给他，朝廷也都准了他。
这时候，从辽阳来的援兵才赶到浑河。得知沈阳已经沦亡。这个时候总兵陈策建议班师归去，但是参将周敦吉和秦邦屏分歧意，他们以为既然来援助，现在又归去算甚么，众将士吵成一团，最后由周敦吉和秦邦屏率川军两万余人先度过浑河，在北岸安营扎寨。努尔哈赤立即派出右翼四旗打击周敦吉军队。没比及步兵方阵赶到，八旗护军已经率先建议冲锋，觉得这些川军一冲就散，却不想明军勇猛善战，一番冲锋后护军伤亡浩繁，参将一人、游击两人直接为明军击毙。
骆养性总算逃过一劫，于辽阳城破以后竟然找到机遇逃到了广宁。他目睹了全部过程，写了一份详细的陈述呈在御前。并因为本身的逃窜，自请处罚。朱由校回道：“尔为锦衣卫，身负之事与参战无关，逃脱送出质料才是精确的。牢记！牢记！”
三月十二日，建奴破掉了沈阳内部的构造停滞，逼近沈阳城，用激将法将城中总兵贺世贤激出城外与之作战，成果贺身中十四箭，筹办逃回城时，蒙前人和建奴特工鼓励城中想要投降的汉人一起翻开了城门，贺世贤战死，总兵尤世功被杀，沈阳被攻破了。
第二天早上，早晨睡得极其糟糕的朱由校被客氏唤醒后，草草用了膳后，来到了大殿中。明天要会商的首要议题是辽东战事。
他先分兵八路，进犯奉集堡，守将李秉诚得报后不敢信赖，带三千人出来查探，见敌军还没摆好步地，就上前骚扰了一把，然后就跑返来了，算是小胜了一阵。