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崇祯八年（1635），民变军进入安徽。阮大铖避居南京，当时复社中名流顾杲、侯方域、黄宗羲等仇恨其为人，作《留都防乱公揭》驱之，连保养了几十年的大胡子都被复社后辈追着拔掉了很多，被弄得非常狼狈。
天子如果赞成朝中诸公的“联虏平贼”之策，没需求再让他说些炒冷饭的话，但是现在方略既已定下，连媾和的使团都派出去了，也申明天子陛下并不是很反对这个方略，或许是料想到了一些不好的结果，导致内心仍然有些踌躇不定，故而想听听分歧的定见。
不久在魏公公四周挥动橄榄枝时，投奔阉党成为太常少卿，“弃暗投明”。
本日江左情势视之晋、宋更加艰巨，肩背腹心，三面受敌。
有了这层了解，阮大铖就有些底了，他稳了稳心神，深思半晌，等心中有了腹稿后，稍稍考虑了下语句，这才谨慎谨慎的缓缓开口道：“臣闻闯贼虽败入陕甘，然主力未失，另稀有十万精锐步骑，若与献逆结合，驰突荆襄，逆流东下，傲视长江，朝廷到时平之者难，阻之者亦难也。确为我朝之亲信大患。
比拟内阁里的那些只会拖后腿的“忠臣贤士大夫”，小人的揣摩君意和审时度势才是现在的他最需求的，作为天子，如果连用人都要遭到钳制，和傀儡另有多少辨别？还谈甚么抗鞑保命？不掌权，勿宁死！
闲赋在家了这么多年，对热中宦途的阮大铖来讲是难以忍耐的，常日里只能靠写戏编曲来来调派政治的得志和孤单，好不轻易熬到了先帝驾崩，新朝建立，阮大铖感觉这是一次非常可贵的复出机遇，在加上老友仰仗着拥立之功入了阁，阮大铖的一颗入仕的心更活泼了，暗里里同马士英联络非常频繁，工夫不负故意人，十几年的前一场豪赌式的政治投资，现在终究有望回本，阮大铖非常珍惜这一次的机遇，筹办事情也做得非常充沛。
而十万建虏踞神京，摆荡山东、河南诸地，随时有放马南下之意。亦是本朝一大患。
当朱由桦收到马士英的秘荐口信后，非常欣喜，抱着试一试的态度，他在皇城偏殿内奥妙召见了阮大铖。
这一日，阮大铖方巾道袍，打扮得非常得体，给朱由桦留下了一个很不错的第一印象。在他宿世的印象里，阮大铖是个实足的奸佞小人，没甚么真本领，当然，宿世的史料大多传自东林和鞑清之手，实在度有待考量，传言也一定可托。
不过周延儒也不是完整没有节操，固然碍于东林的禁止，不能启用阮大铖，但他同意阮大铖保举一名死党入朝，阮大铖因而保举马士英代替本身，马士英由此登上高位，代替了被张献忠打得很惨的高斗光被起用为凤阳总督。
阮大铖恭敬的端坐在朱由桦赐给他的椅子上。
见完礼后，朱由桦凝睇了一下阮大铖，俄然问道：“朝廷新定联虏平寇之策，不知先生对此有何观点？”
崇祯二年(1629)，魏党事败，他上书指出东林与阉党都“党附寺人”，应当一起罢去，崇祯不听，成果他名列逆案被罢官，避居安庆、南京，招纳游侠，谈兵说剑，结成文社。
半途他想与复社和东林媾和，是以在复社魁首张溥为其师周延儒复相而驰驱活动时慷慨解囊互助，表示情愿重归东林。东林反对周延儒酬谢他。是以崇祯一朝终未得仕。