朱由桦担忧黄得功、高杰等人对这件事心有芥蒂，与朝廷产生隔阂，只图自保，不肯再经心效力，思虑再三，决订婚自前去扬州，好好安抚一下这两员虎将的心，做好他们的思惟事情。
圣上晓得后非常大怒，特遣本阁部入江北清算军伍，本阁深受皇恩，委以重担，誓必捐躯报国。诸君或世受国恩，或为今上所识拔，均应同心戮力，将功补过，以报陛下。
短短不到十天，三路讨伐雄师前后班师而归，三地乱兵突失主将，号令混乱，形同无头苍蝇，讨伐雄师又以泰山压顶之势开到，乱兵们慌乱当中底子没偶然候推举新的足以服众的首级。
鉴于这个近况，精兵简政、淘汰老弱兵痞势在必行，一则为了进步军队战力，二则能够减轻朝廷的财务承担，朱由桦给堵胤锡定下了七万实兵的兵额，此中黄、高二部各占两万五千兵额。其他各镇合计两万兵额。
黄、高诸将恭声道：“我等谨遵国法，尽忠陛下，服从督师，毫不敢有涓滴异心！”
朱由桦获得动静后，判定又派了一万四千御营新军，急行军前去江北帮手平叛，这下月前刚成军的两万御营新军全被派到了江北，朱由桦就想借着平叛的机遇，好好熬炼一下这些新兵，也算是抗鞑前的预热了。
等见到黄、高诸人后，朱由桦把三镇通敌的细节颠末一番文学加工后，一一讲给了他们听，因为内容大抵是究竟，逻辑上没甚么缝隙，黄、高二人至此内心终究有些信赖了。
临阵背叛者不在少数，悄悄松松就攻陷了淮安、临淮等地城池，剩下的死硬分子也在巷战中被讨伐雄师等闲击败，不但将三镇兵马击垮、主帅私库中囤积的四多百万两金银和四十几万石粗细粮食也被清理收回，并且将三地五六万私兵当场整编。
有两三万御营亲军和左部数万降军在，另有查抄到的数百万两的赋税做后盾，堵胤锡有充足的信心弹压住乱兵，对于黄、高二部，足粮足饷之下，再整肃军纪，重编行伍阻力也会小很多。朱由桦亲身坐镇江北，监督各镇的整编事情。
囚禁中的黄、高二人感觉朝廷不信赖他们，心下本一肚子怨气，没想到天子陛下竟然亲身前来扬州面见他们，心下很有些受宠若惊。