崇祯帝号令袁崇焕顿时进宫。袁崇焕接到号令，也不晓得产生了甚么事，仓猝进了宫。崇祯帝拉长了脸，责问说：“袁崇焕，你为甚么要私行杀死大将毛文龙？为甚么金兵到了北京，你的援兵还迟迟不来？”
正如皇太极所料，袁崇焕乞降的心机是火急的，他深知上一年向崇祯许下的“5年复辽”不过是一张空头支票，胡想通过跟皇太极和谈，诱使后金退还已被攻占的辽东。颠末皇太极与袁崇焕之间，信使的多次来回，公开或奥妙的几度和谈，皇太极“佯许还辽”，“使杀文龙”，终究获得袁崇焕的“答书密允”，袁崇焕萌动了对毛文龙的杀机。明崇祯二年（1629年，后金天聪三年）六月，袁崇焕借前去辽阳火线观察之机，亲率一支由海员和甲士构成的小分队，渡海来到毛文龙地点的海岛营寨，他以慰劳为名向毛文龙的部众发放了10万两饷银，并在毛文龙的伴随下检阅军队和颁发发言。很多听者都被袁崇焕慷慨激昂的演说打动了，讲台下一片涕零声。俄然袁崇焕的话锋一转，面向站在身边的毛文龙列举了12项该问斩的罪行，随即对环列本身摆布的亲兵一声大喝：“还不给我脱手！”一名手捧崇祯所赐尚方宝剑的魁伟甲士，乘毛文龙正惊诧不备，挥剑将他斩于阅兵台前。崇祯帝在接到袁崇焕斩毛文龙的奏报后，非常震惊，但事已至此，又恰是要用他抵当后金的时候，只好对他先斩后奏的行动表示附和，不过在内心里却今后对这位袁大将军产生了疑忌，因为当时的京师正哄传一种流言：毛文龙体味袁崇焕同皇太极很多和谈奥妙，毛文龙的被斩同袁崇焕杀人灭口有联络。
崇祯帝回绝大臣的奉劝，一些魏忠贤余党又趁机诬告。第二年八月，以叛国罪将袁崇焕凌迟正法。据目睹者说，当时法场围观的大众恨透了卖民贼，袁崇焕处身先人们争食其肉。实在这是一桩大冤案，直到清乾隆修编国史时，本相才明白于天下。
另一个说：“你是如何晓得的？” 一个又说：“刚才我就看到皇上一小我骑着马朝着明营走，明营里也有两小我骑马过来，跟皇上谈了好半天话才归去。传闻那两人就是袁将军派来的，他已经跟皇上有密约，眼看大事就要胜利啦……”