九年春正月甲寅，总理侍郎卢象升、祖宽援滁，大败贼于朱龙桥。丁卯，前礼部侍郎林钎以原官兼东阁大学士，预机务。仲春，前副将汤九州及贼战嵩县，败没。山西大饥，人相食。乙酉，宁夏饥，兵变，杀巡抚都御史王楫，兵备副使丁启睿抚定之。辛卯，以武举陈起新为给事中。三月，卢象升、祖大乐剿河南贼。
六年春正月癸卯，曹文诏节制山、陕诸将讨贼。丁未，副将左良玉破贼于涉县，贼走林县山中，饥民争附之。庚申，遣使分督直省逋赋。是月，曹文诏击山西贼，屡败之。仲春壬申，削左副都御史王志道籍。癸酉，流贼犯畿南。戊子，总兵官陈洪范等克登州水城。辛卯，孔有德遁入海，山东平。三月癸巳，敕曹文诏诸将限三月平贼。夏四月己巳，免延安、庆阳、平凉新旧辽饷。壬申，总兵官邓玘、左良玉剿河南贼。蒲月乙巳，寺人陈大金平分监曹文诏、张应昌、左良玉、邓玘军。壬子，孔有德及其党耿仲明等帆海降于我大清。癸丑，河套部犯宁夏，总兵官贺虎臣战没。六月辛酉朔，寺人高起潜监督宁、锦兵饷。乙丑，郑以伟卒。庚辰，周延儒致仕。甲申，延绥副将李卑援剿河南。庚寅，寺人张彝宪请催逋赋一千七百余万，给事中范淑泰谏，不听。秋七月甲辰，大清兵取旅顺，总兵官黄龙死之。癸丑，改曹文诏镇大同，山西巡抚都御史许鼎臣请留文诏剿贼，不准。八月己巳，曹文诏败贼于济源，又败之于怀庆。玄月庚戌，南京礼部侍郎钱士升为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。冬十月戊辰，徐光启卒。十一月癸巳，礼部侍郎王应熊、何吾驺俱礼部尚书兼东阁大学士，预机务。辛亥，诏保定、河南、山西会兵剿贼。壬子，贼渡河。乙卯，陷渑池。十仲春，连陷伊阳、卢氏，分犯南阳、汝宁，遂逼湖广。是年，安南入贡。
十三年春闰正月乙酉，振真定饥。戊子，振京师饥民。癸卯，振山东饥。仲春壬子朔，祀日于东郊。戊午，总督陕西三边侍郎郑崇俭大破张献忠于承平县之玛瑙山，献忠走归州。戊寅，以久旱求直言。三月甲申，祷雨。丙戌，大风霾，诏清刑狱。戊子，罢各镇内臣。丙申，赐魏藻德等进士落第、出身有差。戊戌，振畿内饥。丁未，免河北三府逋赋。夏四月戊午，逮江西巡抚佥都御史解学龙及所举黄道周。己卯，吏部尚书谢升为礼部尚书，礼部侍郎陈演以原官并兼东阁大学士，预机务。蒲月，罗汝才犯夔州，石砫女官秦良玉连战却之。甲申，祀地于北郊。庚戌，姚明恭致仕。六月辛亥朔，总兵官贺人龙平分道逐贼，败之，罗汝才走大宁。庚午，蔡国用卒。辛未，薛国观罢。秋七月庚辰朔，畿内捕蝗。己丑，发帑振被蝗州县。辛卯，左良玉及京营总兵官孙应元等大破罗汝才于兴山。
赞曰：帝承神、熹以后，慨然有为。即位之初，沈机专断，刈除奸逆，天下想望治平。惜乎局势已倾，积习难挽。在廷则流派胶葛。疆埸则将骄卒惰。兵荒四告，流寇伸展。遂至腐败而莫可救，可谓不幸也已。然在位十有七年，不迩声色，忧劝惕励，殚心管理。临朝长叹，慨然思得非常之材，而用匪其人，益以偾事。乃复书任寺人，布列要地，行动恰当，制置乖方。祚讫运移，身罹祸变，难道气数使然哉。迨至大命有归，妖氛尽扫，而帝得加谥建陵，典礼优厚。是则圣朝大德，度越千古，亦能够知帝之蒙难而不辱其身，为亡国之义烈矣。