十三年春闰正月乙酉，振真定饥。戊子，振京师饥民。癸卯，振山东饥。仲春壬子朔，祀日于东郊。戊午，总督陕西三边侍郎郑崇俭大破张献忠于承平县之玛瑙山，献忠走归州。戊寅，以久旱求直言。三月甲申，祷雨。丙戌，大风霾，诏清刑狱。戊子，罢各镇内臣。丙申，赐魏藻德等进士落第、出身有差。戊戌，振畿内饥。丁未，免河北三府逋赋。夏四月戊午，逮江西巡抚佥都御史解学龙及所举黄道周。己卯，吏部尚书谢升为礼部尚书，礼部侍郎陈演以原官并兼东阁大学士，预机务。蒲月，罗汝才犯夔州，石砫女官秦良玉连战却之。甲申，祀地于北郊。庚戌，姚明恭致仕。六月辛亥朔，总兵官贺人龙平分道逐贼，败之，罗汝才走大宁。庚午，蔡国用卒。辛未，薛国观罢。秋七月庚辰朔，畿内捕蝗。己丑，发帑振被蝗州县。辛卯，左良玉及京营总兵官孙应元等大破罗汝才于兴山。
庚申，谕廷臣进马。丁卯，遣中官趋满桂出战，桂及前总兵官孙祖寿俱战殁。总兵官马世龙总理救兵。壬申，钱龙锡罢。癸酉，山西援兵溃于良乡。丁丑，礼部侍郎周延儒、尚书何如宠、侍郎钱象坤俱礼部尚书兼东阁大学士，预机务。
戊辰，祖大寿杀副将何可纲。己巳，大寿高傲凌脱归，入锦州。十一月丙戌，寺人李奇茂监督陕西茶马，吴直监督登岛兵粮、海禁，群臣合疏谏，不听。壬辰，孙承宗致仕。癸巳，召对廷臣于文华殿，历询军国诸务。语及内臣，帝曰：“诸臣若实心任事，朕亦何需此辈。”己亥，流贼罗汝才犯山西。闰月乙丑，陕西降贼复叛，陷甘泉，杀参政张允登。丁卯，登州游击孔有德率师援辽，次吴桥反，陷陵县，连陷临邑、商河、齐东，屠新城。十仲春丙子，济南官军御贼于阮城店，败绩。丁丑，以大凌筑城招衅夺孙承宗官。是冬，延安、庆阳大雪，民饥，盗贼益炽。
七年春正月己丑，广鹿岛副将尚可喜降于我大清。设河南、山、陕、川、湖五省总督，以延绥巡抚陈奇瑜兼兵部侍郎为之。庚寅，总兵官张应昌渡河，败贼于灵宝。壬辰，贼自郧阳渡汉。癸巳，犯襄阳，连陷紫阳、平利、白河，南入四川。仲春戊寅，陷夔州，大宁诸县皆失守。甲申，耕耤田。乙酉，张献忠突商、雒，凡十三营流入汉南。是月，振登、莱饥，蠲逋赋。三月丁亥朔，日有食之。
十仲春癸卯，黄士俊致仕。癸亥，洪承畴、曹变蛟援四川，次广元。是年，安南、琉球入贡。
九年春正月甲寅，总理侍郎卢象升、祖宽援滁，大败贼于朱龙桥。丁卯，前礼部侍郎林钎以原官兼东阁大学士，预机务。仲春，前副将汤九州及贼战嵩县，败没。山西大饥，人相食。乙酉，宁夏饥，兵变，杀巡抚都御史王楫，兵备副使丁启睿抚定之。辛卯，以武举陈起新为给事中。三月，卢象升、祖大乐剿河南贼。
丁巳，戒廷臣交结内侍。三月己巳，葬悊天子于德陵。癸未，施凤来、张瑞图致仕。乙酉，赠恤冤陷诸臣。夏四月癸巳，赐刘若宰等进士落第、出身有差。甲午，袁崇焕为兵部尚书，督师蓟、辽。庚戌，批示卓铭请开矿，不准。蒲月己巳，李国致仕。庚午，毁《三朝要典》。甲戌，裁各部添注官，辛巳，祷雨。乙酉，复外吏久任及举保连坐之法，禁有司私派。六月，削魏忠贤党冯铨、魏广微籍。