遵循商定，舒尔哈齐向海西女真、野人女真偿还大片领地。同年七月，明廷为努尔哈赤制定僭越称制（此前努尔哈赤曾自称“女直国建州卫管束夷人之主”、再称“建州等到处所国王”、再到喀尔喀诸部上尊号“昆都伦汗”，尊称“神武天子”）、搏斗汉民、私行开矿等八大罪，将其与次子代善、一众随行职员一并斩首于顺天。
对此，大部分重臣以为元妃两子皆被扣押，当拥立继妃之子莽古尔泰暂执国政，少部分大臣主张拥立六子黄台吉，两派辩论不休，内部分裂之势已见端倪。就在此时，努尔哈赤胞弟舒尔哈齐也来插上一脚，他以明朝客岁已封其为建州右卫批示使为由，要求领受建州女真。
他的要求直接遭到两派的明白反对，重臣何和礼、扈尔汉、扬古利等抢先拥立莽古尔泰，支撑黄台吉的大臣一度打算策动政变，但被黄台吉制止，后者终究决定率部出走，建州内部一时候士气降落、民气惶惑。
黄台吉因助剿有功，被封为建州左卫批示使、右都督，但被要求将部众迁往铁岭边墙北侧一处平原居住并收缴兵器，便于明廷监控。很多重臣、部众因不甘臣服而四散，其部下部众仅剩千余人，已没法对明朝形成威胁。
四月，明廷封黄台吉为建州卫都批示使，以舒尔哈齐擅杀褚英为由，号令黄台吉部，海西、野人女真，内喀尔喀五部，日本、朝鲜出兵围歼，史称“万历犁庭”。
于北山女真、苦兀、乞列迷等族堆积地重设奴儿干都司，泰昌年间改设黑水承宣布政使司（源自唐朝黑水都督府），布政使司衙门驻永宁府。
于海西、野人女真，内喀尔喀五部设开元承宣布政使司（源自元辽阳行省开元路），布政使司衙门驻黄龙府；
莽古尔泰走投无路，于万历三十七年（1609年）被舒尔哈齐俘获后押送回赫图阿拉斩首，扬古利等投奔黄台吉，后者倒也不计前嫌予以采取。
对于察哈尔、土默特、科尔沁等独立性较强的权势，明廷则先是杀鸡儆猴，对起初与努尔哈赤缔盟的科尔沁部策动进犯，其残存亲明朝权势首级被授予崇义公、辽西宣慰使。对于土默特部，仍册封其首级（即俺答汗后嗣）为顺义王，准设马市。
而后十数年，明廷在辽东慢慢推行府县制代替卫所制，前后设置辽阳、沈阳、广宁、铁岭、抚顺、通化、建州、黄龙、敦化、福山等府县。
万历四十三年（1615年），号称蒙古嫡派的察哈尔部，在其首级呼图克图汗（孛儿只斤・林丹巴图尔）带领下劫夺土默特部，明廷令其退兵不得，遂构造联军摆布夹攻察哈尔部。
篡夺辽河河套后，于辽东设立辽宁承宣布政使司，布政使司衙门驻沈阳府；