清军再度南下时，隆武政权和鲁国政权都没有建立安定的防地。
随后，清军度太长江，霸占镇江，弘光帝仓猝出逃去芜湖。
多尔衮率八旗军与明总兵吴三桂合兵，在山海关表里会战李自成。
蒲月二十二弘光帝被俘获，送往北京，翌年被清军正法。
一国二主的局面，让隆武政权与鲁王政权为了为争正统职位而形同水火，各自为战。
1646年十一月十五，郑芝龙不顾郑胜利苦谏，北上福州降清。满清忏悔，将郑芝龙挟持上京，同时派兵攻打他的老巢安平镇。
南京沦陷后，1645年闰六月丁未，唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，改元为隆武。
李自成叛逆兵占据北京后，敏捷出错，臣将骄奢，同时因为争夺陈圆圆的原因，激愤了吴三桂，将他逼向了满清。
八月，看到满清步步紧逼，同时又听到承诺封本身为闽粤总督，郑芝龙决计投奔满清，郑芝龙命令镇守福建北大门的仙霞关守军全数撤回安平，同时也召回了本身领兵在外的的大儿子郑胜利。
鲁王朱以海逃亡海上，走石浦，后至舟山。
隆武帝朱聿键听到后出逃至汀州被掳，绝食而亡，
此时弘光政权内部正停止着狠恶的党争，发作太子案，湖北的左良玉不敢跟李自成的大顺军正面交兵，以“清君侧”为名，顺长江东下争夺南明政权。
左良玉的部下秘不发丧，共同推举他的儿子左梦庚为军主。
蒲月十五，弘光政权的众大臣献南京降清；
在朱聿键称帝后约40天鲁王朱以海监国于浙江绍兴。
扬州池破时，清军屠城，扬州苍存亡难八十万，史称“扬州旬日”。
清军等闲攻破了徐州、扬州。
南边，福王朱由崧在江北四镇总兵高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清以及凤阳总督马士英的支撑下，监国于南京，蒲月十五日即天子位，改次年为弘光元年。
弘光朝政的内阁首辅马士英被迫急调江北四镇迎击左军，导致面对清军的江淮防地堕入空虚。
李自成败北，退出北京，在河南、陕西持续抗击。
1645年四月，左良玉在行军途中，病死在九江舟中。
此时，大顺军占有了湖北一部分，张献忠的大西军据四川一带，满清占有东北、西北、华北的大部分地区。明朝的残存权势占有淮河以南的中国半壁江山。
1646年蒲月，满清征南大将军贝勒博洛乘虚冲破钱塘江，绍兴、杭州、义乌、金华等城接踵失守。
左梦庚率余部投降清朝，满清顺势占有了湖北等地，同时也具有了大量的船舰，长江天险不复存在。
1645年三月，满清开端南征。
1644年，李自成带领的大顺军霸占了北京，崇祯帝朱由检在煤山自缢。
清军攻陷北京后，集合兵力，持续向关中的大顺军策动打击。大顺军被迫兵分两路退出关中，经襄阳进入湖广。