扈元朝将处所行政体系也做了窜改，将宋朝的一起行政单位改成行省，比如山东路改成山东行省，三娘还是风俗用行省分别处所行政地区，而没有相沿宋朝的甚么一起军州。行省之下便是府，府之下是州，州之下是县，县之下是乡，乡之下便是村。三娘在处所管治上一改前朝通病，那便是县以下便没有很好的管治，多是乡民自治。扈元朝在县之下还设了乡和村两级单位，乡长和村长普通也是由村民本身推举，不过朝廷插手了监察和政绩考核，同时也给朝廷俸禄，对县以下更小的处所行政也有效管治了起来。
扈岚得承帝位，诏命群臣，建号大元，定都燕京为中京，仿宋例定五京，以会宁府为北京，开封为南京，山东济州府本身起家之地为东京，山西太原府为西京。三娘定五京，初次有关外州府为京，又将都城定在燕京，显现了她想要节制北地，完整断绝来自漠北游牧族的威胁。
而一应女军们也在朝中设了官职，答应女子出任朝中官职，固然朝廷答应女子出任官职，但真正在朝廷任职的也只是琼英、孙二娘、庞秋霞、顾大嫂等跟从三娘起家的女将，很少有女子真正通过科举测验仕进的。直到厥后三娘之子扈宗明继位后的第五年上，才正式有第一名元朝女子正端庄经通过科举仕进的，到扈宗明即位十年后才呈现了第一名科举女状元，那都是二三十年以后的事了。
枢密院内还设参谋部、谍报司、水兵部三个关键部分。参谋部便是枢密院评价周边诸国气力，推演与假想敌作战方略，制定各种作战打算，编练天下军马之地。谍报司顾名思义便是汇集谍报的处所，谍报司是侧重军事谍报汇集，处于明面上的谍报机构，而锦衣卫始终是三娘亲身掌管的大内幕报机构，二者互不堆叠。水兵部便是掌管天下水兵的部分，编练天下水兵、内河水军，沿岸、沿河防务都属这个部分。
户部主管天下赋税、人丁口数、农田地盘数量、各军甲器、各种牲口数量等，总之户部不但承担了后代统计局的差事，还兼着渔业部和农业部的差事。本来三娘想要一次性把后勤部和农业部伶仃剥离出来，但总感觉一下子搞出八部来也过分烦琐，还是精简些机构较好，是以在户部下设了渔业司和农林司。
枢密院下设六部，与宋制不异，也普通的是吏部、工部、户部、礼部、刑部、兵部。每部尚书改成一员，每部侍郎改成六人，每部配属簿书、文吏、算官多少。
六部官员和属员多数是由山东路出身的文官担负，他们在山东路实施的新政已经有了很好的经历，接下来只是推行天下的题目罢了。而梁山出身的老兄弟中，只因很多都是武将出身，是以在六部担负官职的并未几，只要穆弘为兵部尚书，韩韬、彭玘、黄信、孙立等人在兵部任侍郎，铁面孔目裴宣为刑部尚书，蔡福、蔡庆在刑部任职，九尾龟陶宗旺在户部农林司任职，孟康在船舶司任职，汤隆在兵甲司任职，金大坚、萧让在礼部任职。
水兵部以李俊为首，旗下辖四大水兵舰队并长江、黄河两大南北水系内河水军。四大舰队便是北海舰队、南海舰队、东海舰队以及远洋舰队，别离以阮小2、阮小5、阮小7、张顺为提督，总领四大舰队，“赤须龙”费保、“卷毛虎”倪云、“瘦脸熊”狄成、“太湖蛟”卜青四人分为四大舰队副提督。另有张横为内河海军总提督，童威童猛两兄弟别离为南北海军提督。