结案奏章以四百里加急进京，未等圣旨下达，郑敦谨即携两个郎平分开江宁。曾国藩依例奉上“程仪”，郑分文未取，两个郎中各受纹银500两。
慈禧太后用马新贻为两江总督，有没有令其查证曾氏兄弟及湘军个人之劣迹、清查承平天国金银财宝下落的密旨呢？对这个题目，即使没有找到切当证据，但也有蛛丝马迹可寻。
而张文祥喊的这几句话，较着让人摸不清脑筋，相互之间也没有关联，唯独那句“有来有去”到让人浮想连翩，社会上的传言也是以今后而来。
曾国藩接旨后深感难堪，此事他事都想抛清的老狐狸坚辞再任两江总督，并上奏以病体要求开缺养病。清廷不予批准，谕令尽快到差，但曾国藩迟迟不动，迟延近三个月才到江宁接任。
参审的江苏候补道孙衣言、山东候补道袁保庆对此极其不满，劈面诘责郑敦谨，郑说：“万一审出是某或人主使，某某军队是背景，此案如何结局？”结案奏章须统统参审职员一一“书诺”（即承认并情愿卖力），孙衣言、袁保庆果断不“书诺”。
同治六年（1867年）升任闽浙总督（俗称制台、制军），成为节制浙江、福建两省军政的方面大员，同治七（1868年）年，改任两江总督，节制安徽、江苏、江西三省军政事件，并兼办理互市事件大臣（虚衔），官居一品。
郑敦谨听后恍然顿悟，明白此案是不能再穷究了。因而即按魁、张原奏之法奏结，仍按原拟罪名定案。
召见后马新贻退出来，时价六月，马新贻大汗淋漓，朝服都被浸湿，满面惊骇。据马新贻的先人说，慈禧太后授以密旨，要其刺探承平天国金银财宝下落。马新贻深知此事极其严峻，极其凶恶，故此失态。
再有，马新贻任两江总督两年，干了很多实事，能够最为关头的一点是暗中查湘军的的账目，这但是触怒了很多人，但如何查的案，无据可查。
同治九年七月廿六日（1870年8月22日）在督府侧门被张汶祥以利刃刺入右胁，次日陨命。在汗青上，马新贻还算是有一点儿政绩的，在任上拔除了一些知名之费扰民黑钱，惩办湘军游勇，打击海盗，兴建水利等。
实在曾国藩内心很清楚，清廷仿佛已经发觉到这个案件中曾国荃在内里起的感化，但此人与曾国藩分歧，要想赛过他可不轻易，沉思熟虑以后，慈禧也只能利用曾国藩来压抑那些湘军旧部以及曾国荃。
同治九年七月廿六日（1870年8月22日），马新贻例行阅军，在督府右箭道检阅射箭。阅毕，走侧门步行回督府。前稀有名巡捕开道，后有武弁、兵丁簇拥，而刺客马汶祥从中间俄然冲出，直扑马新贻。
按说方面大员第一次进京陛见，理应到处拜见高官、京官，疲于应酬。但是马新贻在最后一次召见后仓促离京，回籍祭祖去了，这是有违常理的，除有严峻事件，不会如许行事。
马新贻被刺，几天后清廷收回上谕：“亟须严行讯究，即箸魁玉督同司道各官从速严讯，务得确情，尽法严办。”
马新贻右胁中刀，即倒下，被敏捷抬入督府，次日伤重不治。张汶祥刺马后并未趁乱逃脱，即被拿下。
马新贻到任后晓得了孙、袁二人的才调，点名保奏要孙、袁到督府任职，成为马新贻的摆布手，号称马新贻的一支笔、一张嘴。