国防最高集会常务委员集会每礼拜开会2次，全部委员集会由主席随时调集之；作战期间关于党政军—切事项，国防最高集会主席可不依平时法度以号令．采纳简练办法。国防最高集会设秘书处，措置集会统统事件．秘书长由主席指定任之.1939年1月gmd召开第五届五次中心全会，决定设置国防最高委员会，代替国防最高集会。
侍从室第一处，主任钱大钧。钱于1938年3月调任航空委员会主任，林蔚接任主任。同时，陈希曾接莫我若任第一组组长。兼侍卫长钱大钧调离后，侍卫长一职空缺，王世和接陈善周任第三组组长，并代理副侍卫长。
1938年2月9日免唐生智总监职，以鹿钟麟任之.是年6月14日鹿钟麟他调，以何成浚任总监。1940年12月秦德纯代理副监，1942年10月实任。1941年1月免除谷正伦副监职，贺国光继任副监。
权军事委员会对党政军实施同一批示.8月20日,《大本营国军作战指导打算训令》曾拟议建立大本营，率领陆海空军及指导全民抗战．以下建立第一至第六部及火线勤务、办理、卫生勤务等各部，作为办事机构。8月30日蒋介石决定，以军事委员会为抗战最高统帅部，不另设大本营,原大本营所属第一至第六部及办理部归军事委员会统辖。9月8日为整肃军队又建立军法履行总监部。设立国度总动员设想委员会，蒋介石兼主任。9月17日gmd中心常务委员集会决定，由军事委员会委员长利用陆海空军最高率领之权，并受权军事委员会对于党政实施同一批示。在其之下，又接踵设立农产调剂委员会，以周作民为主任委员；工矿调剂委员会，以翁文灏为主任委员；贸易调剂委员会，以卢作孚为主任委员。11月又在3个委员会之下设立水陆运输结合办事处。是年11月26日gmd中心常务委员会集会通过《非常期间党政机构调剂及职员分散体例》，此中关于军事委员会的有：中心党部之构造、鼓吹、练习3个部暂归军事委员会批示，其职掌与总动员委员会有干系者，归并国度总动员设想委员会办理．贸易调剂委员会改隶行政院财务部，禁烟委员会改隶行政院内政部。所建6个部有的归并，有的打消，并由参谋总长订定军事委员会其他单位机构调剂体例。
军医署1937年9月由军医司扩大而成，司长原为梅贻琳，扩大为署后于1938年7月任命胡兰生为署长,下设3个处及1个观察室，以下分科办事：第一处罚人事、经理、事件3个科及管帐室：第二处罚医务、伤病措置、质料3个科；第三处罚教
3、军令部
兵工署仍以俞大维担负署长。所属除署本部外，军器司、司长陈隐冀．1938年陈隐冀调任参事，陈东生任司长：1937年9月增设机器、兵器2个科：制造司。司长杨继曾。技术司，司长仍由俞大维兼任。
大本营对于作战指导，以达成“耐久战”为大旨，是以将军令、政略、财务、经济、鼓吹、练习划为6个部，分担负务，各应本大旨，适切应用，紧密联络，俾获最后之胜利，为共同分歧最高之原则.
部长何应钦为军事委员会当然委员．政务次长仍为曹浩森，常务次长陈诚.1938年1月陈诚调任政治部部长，张定璠接任常务