1938年1月17日为适应抗战的需求，军事参议院由直隶于百姓当局改成隶隶于军事委员会，为军事研讨及建议构造.
1、国防最高集会
建立后的军训部下辖机构大抵同原练习总监部。设有参事室，掌理关于法律章制之撰拟及交办事项，1938年2月任命徐
国镇为主任参事，另有多少名参事；秘书室，掌秘密电文撰拟及交办事项；总务厅，下辖3个科及医务、印刷所．掌理该部平常事件，厅长以参事室主任徐国镇兼任；步兵监．1938年2月以阮肇昌任之，该监下设3个科，掌理步兵军队、院校教诲、校阅及本兵科科典范令、参考书编订和体例设备研讨事项；马队监，1938年2月以门炳岳任之，该监下设2个科，掌理马队军队、军校的教诲、校阅和马队的科典范令参考书的编订、修改检查以及马队体例设备、军马滋长与保养等事项；炮兵监，1938年2月以刘翰东任之，该监下设有办公室、3个科和1个观察组，掌理炮兵教诲、人事考核和炮兵的扶植清算，以及校阅、游动教诲事项；工兵监，1938年2月以林伯森任之.该监下设2个科，掌关于工兵(包含铁道队)教诲指导、校阅观察及院校教诲、扶植事项和关于工兵体例设备、技术东西研讨、科典范令订正等事项；辎重监，1938年2月以毛福成任之，该监下设2个科，掌理本兵科科典范令参考书编订、体例设备、运输东西研讨和军队(包含铁道船舶运输)教诲打算、校阅观察及所属军校教诲打算指导扶植事项；通信兵监，1938年3月以华振麟任之，该监下设2个科，掌本兵科黉舍教诲打算指导，科典范令、参考书订正和本兵科军队教诲指导、校阅观察及体例设备技术东西之研讨等事项；机器兵监，1938年3月以徐庭瑶任之，该监下设3个科，掌机器化军队、黉舍教诲打算、校阅观察、扶植改进事项和本兵科科典范令、参考书编订修改检查事项以及军队东西设备研讨改良、军用车辆查抄事项；百姓教诲处，1938年2月以杜心如为处长，该处下设两科，掌教诲打算及课本编订事项和校阅统计、人事考核事项；军事编辑处，1938年2月以杨言昌为处长，掌军事参考图书编辑、翻译考核及汇集保管事项。
1938年2月9日免唐生智总监职，以鹿钟麟任之.是年6月14日鹿钟麟他调，以何成浚任总监。1940年12月秦德纯代理副监，1942年10月实任。1941年1月免除谷正伦副监职，贺国光继任副监。
第四部该部于1937年8月20日建立，掌国防经济：任命吴鼎昌为部长，何廉、黄季陆为副部长。1938年1月该部归并于经济部及有关各部。
交通司司长王景禄。抗日战役发作后，因为交通停业日趋沉重，连续增设汽车、燃料、经理3个科.
1937年7月全面抗战发作8月12日百姓当局国防最高集会和党政联席集会决定以军事委员会为抗战最高统帅部，并受权
1、军事委员会
军法司1937年9月军事委员会军法履行总监部建立，将该司所属军法处并入军法履行总监部审判组，仍由军法司职员兼办：该司司长仍为王震南：