1949年，军统首要机构撤至台湾。中华群众共和国中心群众当局对留在大陆的军统峻厉弹压，到五十年代中，军统在大陆大抵清除。
抗战期间，军统局的正式在册职员和学员，在抗日战役中捐躯者就达18000人以上，而抗战结束时全数注册职员为4万5千余。其他从属职员捐躯者更众。
军统是百姓当局军事委员会的谍报机构。
1937年七七事情天下抗战，1938年初国共达成合作，跟着国共第二次合作的构成和抗日战役的不竭深切，gcd在国统区由完整奥妙转为公开；群众的抗日爱国活动亦日趋高涨，势不成挡。1938年春，蒋介石借口抗日战役期间国难当头，为了制止日谍汉奸活动，进步事情效力，加强抗战力量，在3月29日召开的百姓党临时天下代表大会上决定把原有的百姓当局军事委员会调查统计局改组，扩大成为3个公开的间谍构造：
力行社，设有一个专门停止谍报活动的间谍处，它是军统局的最前身。戴笠为处长。
一九三七年底，力行社间谍处，与特工总部（1927年景立之“百姓当局军事委员会刺探组”）归并，建立‘’百姓当局军事委员会调查统计局‘’。下辖二处，第一处卖力党务，第二处则卖力谍报，并直接向委员长蒋中正卖力。力行社间谍处编为该局第二处。
中统与军统的辨别
一是调查事情职员(简称调工)；
中统以各级百姓党党部为活动基地，在省市党部设调查统计室，在省以下党部设专人卖力“调查统计”，在文明个人和大专院校、重点中学遍及建立了“党员调查网”，停止各种反反动间谍粉碎活动。
1949年国府迁台。1950年，保密局规复正式编组，于台北士林芝山岩设立局本部，持续履行谍报蒐集，并主导台湾省事情委员会案及台北市事情委员会案等红色可骇。