在案发明场一共获得八十七组指纹，颠末遴选后证明此中二十七组属于该公司职员，别的四十八组属于停业相干人士，剩下的是大厦办理和保洁职员。因为找不到犯人指纹，搜索本部判定他犯案时戴了手套，或者在手上涂了胶水。
关于凶手的争议颇多，他到底是伶仃行动还是团伙作案一向成谜。固然日本二?一?年打消了杀人罪的公诉时效，但这案件仍然被很多推理迷视作完美犯法。因为凶手除了一张疑似画像外没留下任何线索，是以获得“怪人二十二面相”的称呼。
花了一天一夜，警方靠身材和穿着上的共同点锁定目标，鉴识课特别写真系以录相为根本，通过电脑修改制作了一张怀疑人的画像。警视厅在霞关本舍召开特别记者会，向媒体公布了这张画像，并宣布收回天下范围的通缉令。
当时遍及观点以为，怀疑人预先在车站存放行李是为了犯案后乘火车出逃。并且警方查过各个机场的记录，并没发明怀疑人的踪迹，是以更加果断本来的设法。
关于有明大厦枪击案的调查停止了两年，警方动用的职员数以万计，还破钞了近十亿调查经费，却直到搜索本部闭幕都没查出任何眉目。为此警视厅的办案才气备受质疑，导致搜索一课课长以下三人引咎辞职，课长提早退休的成果。
凶手行凶时刚好是每月一次的打消役例会，搜索本部判定犯人熟谙被害者公司运作，因而从该公司职员和有停业联络的企业动手调查。警方列出一份多达六千人的名单，并在天下范围内动员超越一万名差人帮手调查，但最后都没有收成。
名片为捏造，“文艺春秋”没有姓手越的职员。刑警给出版社的人看了监控录相截图和画像，也按照供词详细描述了犯人的特性，但没找到合适的工具。被称进了病院的编辑竹田琢也安然无恙，但不记得本身熟谙和犯人类似的人物。
能在短时候内查出怀疑人的长相和行迹，令搜索本部士气高涨，警视厅高层也对尽早破案持悲观态度。但就在大多数人都以为拘系嫌犯只是时候题目的当口，搜索本部却犯下一个严峻弊端。
但新发明带来的高兴就如同雷阵雨，来得快去得也快。和新宿站相连的几条铁路的运营商告诉警方，他们只会保存三礼拜的监控录相，案发当天的录相早已被删除，调查又再走进死胡同。
本来警视厅高层对侦破这起颤动一时的杀人案持悲观态度，但当调查开端后，才发明没多少有效线索。
检视过程中，鉴识课写真阅览系的人在新宿站月台发明一个疑似身影。但这里的监控设备年代长远，录相的清楚度实在强差人意，通过科搜研对影象停止清楚化措置后，终究肯定怀疑人案发前曾经呈现在新宿。
犯人一共遗留下十八件证物，包含：一张名片、一台手机信号樊篱器、八颗九毫米手枪弹的弹壳、以及不异数量的弹头。
把海量质料过滤后，搜索本部锁定一个捐献网站。这个办事器架设在美国的网站曾经在案发前募集过大量资金，但颠末用时四个月的调查，警方始终没法找到网站的运营者，也查不到那笔钱的去处，更没发明这个网站和案件有任何直接关联。
按照科搜研的紧密阐发成果，名片质料为新加坡出产的二百五十克哑粉纸，这类纸张被遍及用于名片和书刊印刷。上面的笔墨不是以油墨印制，而是采取激光打印。警方通过碳粉成分查出打印机的品牌和型号，但这几种打印机在日本数以十万计，遍及于天下各地的大小复印店和办公室，因为数量太多没法清查。