林义哲晓得，日本人之以是如此措置，明显是摸透了中国人的脾气的。
从文牍当中的记录来看，清廷只是把这件事当作一件很浅显的“不测事件”停止措置，涓滴没有想过这一事件过后会带来甚么。
翌日，邓天保赶到保力庄会晤村长杨友旺，杨友旺得知搏斗事件，就和儿子杨阿才、侄子杨阿和跟邓天保回家。至石门双溪口便见尸身累累，此时又有两名宫古岛人求救，杨友旺即承诺庇护。来到邓家就见到多名牡丹社排湾族人逼迫老翁交人。
颠末杨友旺一行人与牡丹社人协商后，以货币四五枚、布六匹、水牛一头、猪数头及酒十瓮赐与互换赔偿。又传闻有一逃窜之宫古岛人在竹社被捕，由邓天保及杨友旺出面以酒肉互换才将他救出。牡丹社人返回四重溪上游的石门双溪口时发明高士佛人已经分开现场，牡丹社人就将54名死者的人头砍下（出草），吊挂在树上，祭拜后带回牡丹社以及女奶社的头颅架上作为祭品。生还的12人逗留杨友旺家共四十余日，到12月22日方才由杨阿才伴随分开恒春达到凤山，由凤山官府的护送，至29日传达台湾府城，再由台湾府官船送达福州琉球馆乘船返国。至翌年6月才回到琉球那霸。54具无头尸身则由邓天保集合葬在双溪口河旁四座墓中，一座合葬十余名，由保力庄人林阿九卖力办理。厥后又迁葬至统埔庄南郊，并供祀每年祭拜。头骨由排湾族人遵循他们的传统风俗带到部落的头骨架中摆祀。
他们当晚露宿林中，没有吃过任何食品，空肚摸黑前行。翌日早上偷挖田里的番薯充饥，再向西再走三里路。遇见路旁有排湾族番民正在圃围内事情。宫古岛民以手语跟排湾族人相同，排湾族人就给他们饭和芋头粥、番薯等充饥，又让他们留宿在头子标梯屋房间。遵循高士佛社风俗。外人喝了族人家中的水就不再是仇敌。但半夜却有一人持柴火携刀进入一房间抢走此中两名宫古岛人的衣服，天亮更有十多名持刀、矛、弓箭等兵器排湾族年青男人逼迫他们脱下衣服、发簪，并把他们的随身财物劫掠一空，此中五六名持枪的排湾族人表示本身筹办外出打猎，要宫古岛人留在屋内等待，不得外出。宫古岛人惊骇排湾族人对他们倒霉，决定分开，却被排湾族人禁止。因而他们以3、五报酬一组分开逃窜，然后汇合。
林义哲回到家中，随后命人取来同治十年关于牡丹社事件的相干文牍，细细的看了起来。
日本兼并琉球的动静传到中国，给中国朝野高低形成了庞大的打击。士大夫们叫唤着要和日本开战，规复琉球政权，他们遍及以为，如果能够使琉球复国，则无妨承诺日本在商务方面“一体均沾”的要求，以揭示天朝宗主国的“宽大之度”；如果琉球不但不能复国，日本反而还多所威胁，则朝廷唯有厉兵秣马与日本决斗，以武力帮忙琉球光复国土！
厥后日本出兵台湾虽因沈葆桢带舰入台谈判而失利，但琉球却终究亡于日本之手。明治天皇密令大山纲良，以日本王政一新的名义，要求琉球遣使赴东京道贺，明治天皇访问琉球国尚泰王调派之使臣尚健、向有恒前去东京道贺，琉球方面并不知日本之企图。明治天皇召见了使臣后，公布了圣旨，改琉球国为琉球藩，并册封尚泰为藩王。至1875年，日本逼迫琉球停止向中国朝贡，复在1879年迫使琉球国王尚泰移住东京，正式兼并琉球。