再说此时的朝堂之上，钱谦益的历声喝问，因为多年来所遭到的尊师重道的教诲下，使得瞿式耜一时无言以对。
钱谦益这时几近是要被气得吐血，为甚么？因为瞿式耜是钱谦益的门生！这时瞿式耜公开反对减免江南税收，无疑是打他的脸，前人讲的是一日为师，毕生为父，尊师重道已经渗入到骨子里。
逃窜天子永历帝在逃窜前，拉着瞿式耜的手，要他一起出走，被他严词回绝，这时他慷慨说道：“臣乃留守，怎可弃桂林而走？城在则人在，城破则人亡，还望今后皇上抖擞，摈除鞑虏，光复大明江山。”
“不错，灾患一起，处所百姓民不聊生，朝廷怎能坐视不管？如此这般，国将以何为继？”
“钱大人所言极是，如何定夺，贤人早有定语，我等只需按贤人所言便可，又何需再去争辩！如按毕大人所言，难道贤人都说错了不成？我等自幼便苦读诗书，受贤人教诲，莫非还能比贤人更贤明不成？”
不久，福王朱由崧在南京建立弘光政权，瞿式耜被任命为广西巡府，刚走到半路，就传来南京已被攻破的动静，一时之间，天下民气浮动，瞿式耜为稳定民气，到任后便和百姓同吃同住，规劝百姓放心耕作，同时招募兵马，主动练习备战，如此，处所民气才逐步安宁。
厥后桂林城破，孔有德敬慕他的才华和威名，因而许下高官厚禄，但愿他能够投降，却被他毫不客气的臭骂一顿。最后瞿式耜慷慨赴死前，留下绝命诗一首：安闲待死与城亡，千古忠臣自主张，三百年来恩泽久，头丝犹带满天香。
弘光政权毁灭后，唐王朱聿键在福州建立隆武政权，但是身在桂林的靖江王朱享嘉却不承认，也建立政权，自主监国，后派人拉拢瞿式耜，被瞿式耜严词回绝，喝道：“现在隆武帝大位己定，自当同心共力光复大明江山，怎可兄弟手足相残，做那亲者痛，仇者快之事！”
厥后瞿式耜联络朱享嘉部下大将焦琏，与其联手将朱享嘉抓拿，为隆武政权的稳固立下了汗马功绩，被隆武帝晋升为兵部右侍郎，委广东重担。
写完后，向南面跪地，行五拜三叩之礼（此乃辞帝之礼），而后被孔有德所杀。可叹！可悲！一代人杰，竟落得如此了局！
无法清军势大，第二年隆武帝被杀，隆武政权随之毁灭，瞿式耜便在广东拥立桂王朱由瑯即位，是为永历帝，永历晋升他为吏部右侍郎，东阁大学士。随后几年，瞿式耜主动帮手永历帝打理朝政，稳定民气，时候不忘光复国土，规复大明江山。并曾数次打败清军大肆的打击，无法永历帝实在不争气，再加上国事衰颓之时，永历朝文武大员竟还党争不竭，自消气力，而满清气力却一日千里，乃至最后桂林被孔有德围困。
毕自严晓得他们是师徒，瞿式耜明天为了大义而反对钱谦益，这让毕自严非常打动，见瞿式耜不敢顶撞钱谦益，因而立马说道：“瞿事中本日一心为公，钱大人又何必以师尊之身苦苦相压，现在鞑虏在辽东日趋强大，已然成为我朝大患，为江山计，为百姓计，都不得不消兵，兵戈一起，便是金山银海也要耗的一干二净，这个时候又怎可减免江南赋税呢？”
魏忠贤权倾朝野时，天下文武百官攀附者不计其数，然瞿式耜不畏强权，凡是攀附魏忠贤者，瞿式耜都以其断绝来往，文人风骨闪现无疑。然始终不得重用，赋闲在家。后李自成攻破北京，崇祯煤山吊颈，瞿式耜本欲就义，然满清铁蹄杀入关内，李自成大败，汉家江山岌岌可危，这时瞿式耜决然毁家抒难，四周驰驱。