除了上述军队以外，郑克臧还抽调出一千人的兵力组建了安平留守司，同一办理大员及北汕尾岛上的两处重炮要塞及其守备，并将本来八十人的安平城侍卫步队扩大到了二百人，至于安平城的守备任务，在銮仪卫镇打消以后则由各师顺次轮戍。
当然郑克臧的体例要略大一些，他以一个师辖三个团，每个团辖六个哨。说到“团”，实在就本来的标，早在西魏、北周时，当时的军队就以“团”作为一级构造，不过当时并没有明白的标准说一团应当有多少兵马，到了隋代，曾以一百报酬一队，步兵二十队为一团，马队十队为团，而唐朝府兵轨制中每团的兵力被明白为三百人，郑克臧的团则相对靠近隋制。至于“哨”则是本来的“营”，唐制营凡是辖两到三个团，为了不让人曲解上下级之间的干系，是以郑克臧才特地把“营”换成了“哨”。
“仪制司和军务司这些日子辛苦了，等熬过这一段日子，孤特准两司休沐旬日。”所谓软硬兼施，郑克臧用杀何佑表示本身的倔强，但一味的倔强也是不成取的，以是他又以爵禄也赏功。“上面的官兵怕也等不及了吧，那就开端吧。”
作为郑克臧全面把握郑军的意味，参军司改名为参军院，职位升格为与政事堂并列，定西伯吴淑被任命为了总章参军事，还在养伤林升以及原中提督、翦虏伯洪拱柱受命成为同佥总章参军事，以上三人将帮手郑克臧批示军令。
这是普惠奖大家有份，是以大师伙还不是很正视，但接下来重头戏开端了：“授洪拱柱为翦虏伯、张学尧为镇虏伯、何乾为定虏伯、毛洪言为荡虏伯，各加实封一百二十户”
新的体例表里哨的建制根基不便，每哨下辖五十人的刀盾、火铳、长矛各一队，别的另有直属的辎兵班、令兵组各一，正六品承信校尉衔的哨官、从六品忠显校尉衔的副哨官、正七品忠武校尉衔的哨参军、从七品护军校尉衔的哨监察各一员，别的另有哨旗手、哨鼓手各一，火兵三人，如此全哨合计一百八十人。
鹿港队二千人，具有千料福船十五艘、八桨快哨船十二艘，卖力在鹿港至淡水间巡航，统领由原海军将官黄初旭担负；澎湖队二千五百人，具有千料福船二十艘、八桨快哨船十五艘，卖力澎湖至鹿港之间巡航，统领由麻英升任；淡水队由孺子军远航营扩大，体例有一千五百人，配属飞天号等夹板船八艘，卖力在东宁至宾童龙之间的巡航，统领由巩天接任；打狗队是以猎鲸营和琉球营为老底扩编的，目前有五百人、福船十五艘，还是以远洋捕鲸为主，统领由原猎鲸甲营营官颜道及出任，其不敷职员由鹿港、澎湖、打狗三队轮番抽调并由台江队运送部分职员插手，该队的首要任务还是是在没有大战的前提下保持海军官兵的斗志、磨砺他们的血勇；台江队则由双桅通信船、独桅纵帆船、福船、鸟船、赶缯船、双帆艍船各两艘编成，作为究竟意义上的海军书院，台江队将卖力对各队海员及武官停止操船、针路等方面的根本培训和批示单一战船及划子队的进阶练习，该队统领由猎鲸乙营营官唐慎之出任。
永历三十七年十一月月朔，郑克臧正式命令将郑军本来各镇的名号十足打消，至于镇将、总兵、副将、监督、监理、协将等官位也一并开缺。随后，郑克臧又对孺子军的体制停止改进，以此重新组建了摆布武卫、摆布虎卫、摆布勇卫等六师。