建安十六年（211年），曹操征讨韩遂、马超时，曹丕留守，又使程昱参知军事。等时田银、苏伯即是河间作反，曹丕遣将军贾信征讨。叛军中有千余人请降，朝中大臣皆以为应遵还是法，尽诛降军，程昱却说：“之前之以是要诛杀投降者，是因为当时势势动乱，天下大乱，攻打贼人时采纳‘围而后降者不赦’的目标，目标在于向别的乱党显现不尽早投降的结果，让统统仇敌都感到惊骇，未围先降，那今后用兵便不需求动辄围城。现在天下情势大抵已经安宁，并且今次的战事是产生在国土以内，这些都是不成气候的贼众，杀了他们也没有能够请愿示惧的处所，落空了以往诛降的战略意义。是以我以为这些降兵不成诛杀；即便要诛杀他们，也要先扣问曹公的定见。”但是当时的大臣都说：“军事方面我们能够自行下决定，毋须事事向曹公启奏啊！”程昱闻言后，不再作出回应。
建安八年（203年），程昱纠合一伙山间公众及逃亡之徒，得精兵数千人，因而引军与曹操会师黎阳，讨伐袁谭、袁尚。曹操使李典与程昱等以船运军粮。会和魏郡太守高蕃将兵屯河上，断绝水道，曹操对李典、程昱说：“若船不得过，下从陆道。”李典与诸将议曰：“蕃军少甲而恃水，有懒惰之心，击之必克。”程昱亦觉得然。遂北渡河破高蕃，水道得通。二袁破走后，程昱拜为奋武将军，封安国亭侯。
程昱这个谋不及郭嘉，治国不如荀彧，军事才气不如荀攸，是个千里之才，做个太守还是能够的，不过程昱虔诚于曹魏，胆量大。
攻取荆州后，中原之地大抵安定，曹军权势逐步扩大。一次，曹操抚着程昱之背说道：“当初兖州之败，若非服从你的战略，我又怎能够来到这里呢？”程昱答道：“所谓‘满足不辱’（出自《品德经》第四十四章，指一小我只要晓得满足，就不会因为过份的贪婪而获得屈辱的结束），现在是我激流涌退的时候了。”因而正式表示今后缴还兵权，阖门不出。