不说方腊分调人马，两处迎敌，先说宋江大队军马启程，水陆并进，离了睦州，望清溪县而来。水军头领李俊等引领水军船只，撑驾从溪滩里上去。且说吴用与宋江在顿时同业，并马商讨道："此行去取清溪帮源，诚恐贼首方腊知觉逃窜，深山郊野，难以得获，若要活捉方腊，解赴京师，面见天子，必须里应外合，认得本人，能够擒获。亦要知方腊去处下落，不致被其走失。"宋江道："是若如此，须用诈降，将计就计，方可得里应外合。前者柴进与燕青去做细作，至今不见些耗损，今次着谁去好？须是会诈投降的。"吴用道："若论愚意，只除非教水军头领李俊等，就将船内粮米，去诈献投降，教他那边不疑。方腊那，是山僻小人，见了很多粮米、船只，如何不收留了。"宋江道："智囊高见极明。"便唤戴宗，随即传令，从水路直至李俊处，说知如此如此："教你等众将行计。"李俊等领了战略。戴宗自回中军。
宋江等大队军马，都入清溪县来。众将杀入方腊宫中，清算犯禁器仗、金银宝贝，搜检内里库藏，就殿上放起火来，把方腊表里宫殿，尽皆烧毁，府库赋税，搜刮一空。宋江汇合卢俊义兵马，屯驻在清溪县内，堆积众将，都来请功受赏。整点两处将佐时，长汉郁保4、女将孙二娘，都被杜微飞刀伤死；邹渊、杜迁马军中踏杀；李立、汤隆、蔡福，各带重伤，医治不痊，身故；阮小五先在清溪县，已被娄丞相杀死。众将擒捉得北国伪官九十二员请功，犒赏已了，只不见娄丞相、杜微下落。一面且出榜文，安抚了百姓，把那活捉伪官解赴张招讨军前，斩首示众。后有百姓说，娄丞相因杀了阮小五，见大兵突破清溪县，自缢松林而死。杜微那，躲在他原养的倡妓王娇娇家，被他社老献将出来。宋江赏了社老，却令人先取了娄丞相首级，叫蔡庆将杜微剖腹剜心，滴血享祭秦明、阮小5、郁保4、孙二娘，并打清溪亡过众将。宋江亲身拈香祭赛已了，次日与同卢俊义起军，直抵帮源洞口围住。