1349年，足利直义与高师直的斗争生长到了白热化阶段，高师直要求足利尊氏肃除足利直义的统统职务。足利尊氏承诺了高师直的要求，撤掉了其弟全数职务。而后，高师直更加娇纵，而足利尊氏与足利直义之间的干系也是以日趋严峻。
后醍醐天皇实施的新政，最首要的部分就是撤消威胁天皇权力的关白、摄政等职务，统统大权由天皇本人统辖，对皇室和大贵族的好正法力庇护，却对在颠覆镰仓幕府中立下军功的军人的好处不闻不问，这类做法引发了各地军人的极度不满。而与此同时，规复天皇之位没多久的后醍醐天皇为了满足一己私欲，疏忽长年战乱给百姓带来的磨难，肆意增加税收，征发劳役，在京都大兴土木，呈现了“兵革以后，世局未稳，国费民苦”的乱象。后醍醐天皇的倒行逆施激起了农夫的不满，由此，后醍醐天皇逐步落空了军人和农夫对他的支撑。
1368年，年仅10岁的足利义满继任第三代幕府将军，由管领细川赖之任帮手。足利义满成年亲政后，显现出出色的统治与带领才气，前后安定了土岐赖康、山名氏清等处所保护的兵变，幕府统治得以进一步稳固。同时，颠末几次大的挞伐，南朝的权势完整阑珊。1392年，足利义满对南朝提出同一的号令，并顺利实现南北朝合体，胜利地结束长达60年的豆割状况。由此，足利义满在天下范围建立起幕府将军的绝对统治权，成为室町幕府最盛期的缔造者。
足利尊氏在起兵讨伐镰仓幕府之初，足利直义就一向帮手足利尊氏，足利尊氏也视足利直义为左膀右臂，对他极其正视。足利幕府建立后，足利尊氏的家臣高师直担负首要职位，深得尊氏信赖，备受恩宠，然后权柄越高，骄奢越重，部下部将非常不满，足利直义对此也深为仇恨，决计撤除高师直。
俗话说，堡垒最轻易从内部被攻破。这句话利用在镰仓幕府的灭亡上是再合适不过。1333年，镰仓幕府的御家人足利尊氏在各地反幕府的动乱中敏捷崛起，很快成为讨幕中坚，终究与各地豪强一起迫使北条氏一族全数他杀，镰仓幕府就此结束。当然，这时候意得志满的足利尊氏不会想到，近250年今后，本身的子孙也会被武将逼死，成为汗青的烟云。
此时的足利尊氏固然获得了天皇的赐名，但是并没有获得他梦寐以求的“征夷大将军”的名号，反倒遭到后醍醐天皇的各种限定，这让足利尊氏非常绝望。
北朝的实际节制者足利尊氏在被光亮天皇正式任命为“征夷大将军”后重启武家政治，在京都建立了足利幕府。幕府建立不久，为了清算武家轨制，鼎新朝政，足利尊氏公布了武家法典《建武式目》。《建武式目》提出“居安思危”的观点，以为首要之责是“早休万人愁”，“政在安民”。在这一思惟的指导下，《建武式目》提出要制止豪侈，力行俭仆，不得纳贿贿赂；选用贤达之人担负处所官，并要求豪强不得兼并私宅，以减少停业流浪者；委任尽忠足利氏的有功、有才调的将领为各地保护。
以胜利者姿势进入京都的足利尊氏很快囚禁了后醍醐天皇，同年11月，后醍醐天皇被迫将意味天皇权威的三神器交给光亮天皇，本身则被尊为上皇。但是后醍醐天皇并不甘心被人摆布，12月21日晚，他打扮成女性贵族，乘车逃离京都，在吉野建立了新的政权，并宣布交给光亮天皇的三神器为捏造品。自此构成了与京都皇室对峙的局面，日本汗青上的南北朝由此构成。