‘第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，表里明彻，净无瑕秽；光亮泛博，功德巍巍，身善安住，焰网寂静过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随便所趣，作诸奇迹’。
‘第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情饥渴所恼，为求食故造诸恶业；得闻我名，专念受持，我抢先以上妙饮食饱足其身，后以法味毕竟安乐而建立之’。
‘曼殊室利！若见男人、女人有病苦者，该当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食、或药、或无虫水、咒一百八遍，与彼服食，统统病苦悉皆毁灭。如有所求，志心念诵，皆得如是无病延年；命终以后，生彼天下，得不退转，乃至菩提。是故曼殊室利！如有男人、女人，于彼药师琉璃光如来，诚意殷重，恭敬扶养者，常持此咒，勿令废忘’。
曼殊室利言：‘唯然，愿说！我等乐闻！’
‘第十大愿：愿我来世得菩提时。若诸有情国法所加，缚录鞭挞，系闭监狱，或当刑戮，及余无量灾害欺侮，悲愁煎逼，身心刻苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得摆脱统统忧苦！’
‘复次、曼殊室利！若诸有情，虽于如来受诸学处，而破尸罗；有虽不破尸罗而破轨则；有于尸罗、轨则，虽则不坏，然毁正见；有虽不毁正见而弃多闻，于佛所说契经深义不能解了；有虽多闻而增上慢，由增上慢覆蔽心故，自是非他，嫌谤正法，为魔伴党。如是愚人，自行邪见，复令无量俱胝有情，堕大险坑。此诸有情，应于天国、傍生、鬼趣流转无穷。若得闻此药师琉璃光如来名号，便舍罪过，修诸善法，不堕恶趣；设有不能舍诸罪过、修积德法，堕恶趣者，以彼如来本愿能力令其现前。暂闻名号，从彼命终还生人趣，得正见精进，善调意乐。便能舍家趣于非家，如来法中，受持学处无有毁犯，正见多闻，解甚深义。离增上慢，不谤正法，不为魔伴，渐次修行诸菩萨行，速得美满’。
‘第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑恶、顽愚、盲、聋、喑、哑、挛躄、背偻、白癞、颠狂、各种病苦；闻我名已，统统皆得端方黠慧，诸根完具，无诸痛苦’。
‘第八大愿：愿我来世得菩提时，如有女报酬女百恶之所逼恼。极生厌离，愿舍女身；闻我名已，统统皆得转女成男，具丈夫相。乃至证得无上菩提’。
佛告曼殊室利：‘如是！如是！如汝所说。曼殊室利！如有净信善男人、善女人等，欲扶养彼世尊药师琉璃光如来者，应先造立彼佛形像，敷清净座而安处之。散种莳花，烧各种香，以各种幢幡寂静其处。七日七夜。受八分斋戒，食清净食，澡浴香洁，著清净衣，应生无垢浊心，无怒害心，于统统有情起好处安乐，慈、悲、喜、舍划一之心，鼓乐歌赞，右绕佛像。复应念彼如来本愿功德。读诵此经，思唯其义，演说开示。随所乐求，统统皆遂：求长命。得长命，求敷裕，得敷裕，求官位得官位，求男女得男女’。
‘复次、曼殊室利！如有净信男人女人，得闻药师琉璃光如来应正等觉所驰名号，闻已诵持。晨嚼齿木，澡漱清净，以诸香花，烧香、涂香，作众伎乐，扶养形象。于此典范，若自书，若教人书，一心受持，听闻其义。于彼法师，应修扶养：统统统统资身之具，悉皆施与，勿令乏少。如是便蒙诸佛护念，所求愿满，乃至菩提’。