抗战期间，在抗日救国的旗号之下，冯玉祥与蒋介石干系团体是较为和缓的，冯从命蒋的带领，蒋尊敬冯的定见。在民族危亡关头，冯玉祥对蒋介石做了三件事：不竭鼓励蒋果断抗战决计；重视保护蒋的魁首职位和庄严；也勇于攻讦蒋的不敷。
会战之初，中国军队投入兵力为3个师又1个旅、炮兵1个团又1个营、上海市差人总队、江苏保安队2个团，另有水兵轻巡洋舰及摈除舰10艘、炮艇、鱼雷艇20余艘；空军参战飞机250余架(兼顾南京等首要地区的空防)。陆军分为摆布两翼，右翼军为由京沪戒备军队改编而成的第9个人军，总司令为张治中。右翼为张发奎担负总司令的第8个人军，由苏浙边区军队改编而来。前者在浦西卖力扫荡日军据点，后者在浦东担负鉴戒、援助和共同。这两个个人军都属第三战区统领。淞沪会战刚开端没多久，中国当局就建立了大本营，以蒋介石为大元帅，编定天下战役序列，将江苏长江以南(包含南京、上海)及浙江地区划为第三战区，以冯玉祥为司令长官、顾祝同为副司令长官。蒋虽任命冯玉祥为主官，骨子里对其并不信赖，故用亲信干将顾祝同副之，并特地交代”以顾副长官之号令为号令”，如许一来冯的司令长官不过是个空架子，甚么事也管不了。”八。一三”淞沪开战以后，冯玉祥曾写了7条遗言，表白抗战决计，并不吝筹办随时为国赴死，现在这位昔日叱咤中国政坛的风云人物故意杀敌，却无处使力，只好无法地对别人说，本身上任期间只能做两件事：”一是任日本飞机来炸，二是作几首骂日本人的诗”，这句自嘲的话，听来不免让人感觉非常哀思。
冯玉祥亦极力制止蒋介石对本身的任何猜忌。1938年5月，冯在鸡公山上，见石壁上有邵力行题字“冯将军是抗日鞭策者”、“冯将军是抗日缔造者”，冯觉得，“当此抗战期间其字句间显有教唆诽谤怀疑，因明天只要一个当局，一个主义，一个魁首，决不能有其他，当命人执送信阳县署以惩之。”
周恩来曾奖饰冯玉祥有“为人所不敢为，说人所不敢说”的精力。冯玉祥也把这类精力用在蒋介石身上，蒋的文胆和谋士陈布雷说过蒋的“人才与资望”决再找不出来，这个批评就当时的人看来，是并无多少夸大的，冯玉祥对蒋也是非常景仰的，他写道：“以蒋先生之夙兴夜寐，整天勤奋，吾人回无懈可击。”
对于蒋介石能够产生的摆荡，冯玉祥为其痛陈短长，冯以赤壁之战前孙权与鲁肃的对话开导蒋指出：“汪精卫一班报酬了繁华，甚么好事都敢做。委员长您只要抗战这一条路，失利也是胜利，胜利也是胜利。”冯乃至要求蒋效仿孙权，砍掉桌子的一角，以表白抗战到底之决计。蒋介石对冯玉祥的定见非常同意，当晚，冯玉祥将说话要点在长沙播送，这使大师都晓得了蒋介石有抗战的决计。
会后，蒋介石对他不对劲的第三战区停止了人事调剂，实际上只是调了一小我，那就是冯玉祥，他被调到新建立的第六战区去当司令长官去了。第三战区司令长官的职务由蒋介石本人兼任，顾祝同仍为副司令长官。蒋介石这么做，有他的考虑：一是跟着战事深切，两边都在不竭增兵，范围另有持续进级的势头，由本身亲身担负第三战区长官，足以向外定义明他正视的程度；二是让冯玉祥批示并不是其部下的中心军和各个杂牌军构成的火线军队，明显不能得心应手，而第六战区在北方，那边多为冯的旧部，批示起来比较轻易。不过冯的确跟蒋合不来也是一个首要究竟，冯玉祥不满本身被闲置，老是发牢骚说怪话，也招惹了蒋介石的极大不痛快。传闻白崇禧也对冯看不过眼，白当时担负副总参谋长，来往京沪之间观察，见其每天不睬火线战事，尽管”作诗骂人、不务正业、不干闲事”，返来向蒋介石作了汇报，建议调走冯玉祥。冯与蒋的冲突和隔阂自此进一步加深，抗战胜利后，冯对蒋热中打内战和对抗日公众的倒行逆实施为极其气愤，公开反蒋，蒋介石命令辞退冯玉祥的军籍、党籍和公职，两人完整分裂，这是后话。