靖难之役胜利后，朱棣肃除建文年号，持续利用“洪武”编年，同时命令尽复建文朝所改的统统成法和官制。次年1403年改元永乐，登极天子位。
建文帝见局势已去，只幸亏皇宫中布下疑阵，借放火自焚趁乱逃出宫廷流落官方，隐迹深山古寺削发削发。他本想卧薪尝胆等候机会，竖皇旗叛逆抢回本属于本身的皇位。可没想到，这位四叔做起天子来却头头是道，将全部大明江山办理得井井有条，百姓安居乐业，四海升平。朱允炆遁入佛门日久，心胸慈悲为怀之念已深，他不肯看到大明百姓再受战乱之苦，最后决定放弃夺帝动机，今后隐居深山老林终其平生。
嘉靖九年（1530年），巡抚都御使胡琏议移巡海道驻漳州府，在月港对岸的海沧（今厦门市海沧区）设立海防机构——安边馆，每年委任通判一员驻守，以弹压私运活动。
期间，跟着外洋贸易的不竭繁华，月港已然成为了官方“私通”外洋、“私贩”番货的贸易商港而被明朝当局所正视。到正德年间，明王朝再次呈现了中衰迹象，直到嘉靖初期时，朱厚熜重新推行新政，政治及国力才一度有所规复。但因嘉靖末年，君臣冲突凸起，社会各种冲突萌发，本地倭患几次产生……
嘉靖二十八年，有倭寇驾船扬航直抵月港安边馆，懦夫陈孔志授檄往援，乘巨舰首当其冲，横舰于海面阻击，最后被倭船火炮击中。倭寇也是以调转船头逃遁而去，月港倭患自此开端。
嘉靖二十七年（1548年），巡海道柯乔奏议设县治于月港。但因为月港海岸盘曲蜿蜒，港汊交叉一时未受倭患涉及，导致设县打算搁置。
今后又于永乐五年至三十一年的二十多年间，前后七次出海远航，颠末三十多个国度，最远曾达非洲东岸、红海和伊斯兰教圣地麦加。这就是巨大的郑和下西洋。
燕王朱棣本就不平这个乳臭未干的小天子，在他的心中早也已经有了称帝之念。这时，作为幕僚的姚广孝给朱棣献策，建议以“清君侧”的名义，举“靖难”的灯号，带领八百府兵策动了汗青上闻名的“靖难之役”，一起势如破竹直到占据了南京。
当时的明朝在政治、经济、文明、军事上，处于天下抢先职位，是以吸引了浩繁海本国度，呈现了各国争相来朝的盛况。1405年，因为贡使日多，朱棣命令消弭部分海禁政策，重新设置市舶司。因而，在福建、浙江、广东分设来远、安远、怀远三市舶司，卖力欢迎各国来使，而于京师设会同馆以待国宾。为了与各国来人交换，同时还设置了四夷馆，专掌翻译各国及少数民族说话笔墨。
1424年朱棣驾崩，由大儿子朱高炽继位，史称仁宗天子。朱高炽即位后，改年号洪熙，开端了一系列鼎新，这些鼎新都与朱棣在位时的政策手腕背道而驰。起首，朱高炽赦免了建文帝旧臣和永乐时遭连坐放逐边疆的官员家眷，并答应他们返回原处，并规复一些大臣的官爵。其次，遵守明太祖朱元璋在位时“片板不得入海”的旨意，不但制止官方擅自出海，同时也制止官船出使东西洋。
本来有所放宽的海禁政策再次被明廷严行制止，以海为生的本地住民不得不挑选“私运”的情势冒险出海。当时的月港地处九龙江下流的江海汇合之处，其港道由龙溪县城8、九都地的月溪之滨肇端，沿南港逆流往东，颠末海门岛航至九龙江口的圭屿，然后再经嘉禾屿（今厦门）便可出外海。再加上月港僻处海阪，俗如化外，朝廷催促莫及，官府管束松弛，如许的天时之便成为了本地住民停止“私运”的首选海港。