1048年8月，教皇的干与准期而至，新任教皇克达马苏二世派使节怒斥威廉的残暴行进，任命埃德里克为坎特伯雷大主教，不承认威廉任命的坎特伯雷大主教赫尔曼，同时教皇还任命流亡罗马的约克大主教为红衣大主教。
他命令改组教廷，初级神职职员均由克吕尼派僧侣担负，要求各级教士实施严格的单身制，制止教产转移到俗人手中，宣布统统教产都属于教皇，应向罗马教廷征税。
实际上，此时的教、俗权抵触，在很大程度上是英国封建王权与罗马教廷争夺英国教会统治权的比武，英国教会贵族在冲突激化时根基上未与国王正面对抗。
威廉气愤至极，约克大主教带头和本身频频作对，这是对他权威的严峻挑衅。
同时，作为威廉的亲信，萨瑟克主教希尔维斯特、阿宾登主教弗朗特、圣保罗主教怀蒙特等诺曼人主教们都是威廉王的首要朝臣，他们频繁参与国政。
威廉停止宗教鼎新的底子目标是按捺教权，加强王权，不但对教义没有停止多少变动，就连他本人也没有宣布放弃上帝教信奉，鼎新后的英国国教安立甘教保存了主教制等上帝教传统。
因为威廉宗教法上成为任何信徒都不得打仗的人，以是很多忠于他的主教只好分开英国，但也有很多主教和教士们不顾教皇的号令，仍然尽忠于威廉。
跟着抵触进级，威廉不顾教会的反对，将因任职者病故、出逃而教职空缺的主教区、修道院的财产、支出纷繁收归王室。
作为一名狂热的克吕尼派僧侣，威廉强行收回教会财产、拔除教区、征收什一税和任免教职的行动天然遭到了利奥九世的仇视。
据不完整估计，仅见诸王室账簿的源于教会的支出，在1045年威廉加冕英格兰国王时为400镑，但仅仅在威廉对英格兰教会停止鼎新后的1047年最后一个季度，王室支出中源于教会的支出就已经已达5700镑，估计将来1048年整年这笔教会支出则能激增至24000镑。
而这此中，大多数都是威廉新近任命的诺曼人主教和教士，分开的几近都是盎格鲁萨克逊人。
王廷法院是威廉手中对于教会的利器，很快斯蒂甘德神甫就被审判有罪，剥夺了坎特伯雷大主教的教职，随后威廉将他的财产都收归王室统统。
今后英格兰的教会与罗马教皇离开干系，英国国教会建立。
作为抨击，1048年春，威廉命令征调牧师和教士封臣的部分支出充公，又遭到主教们的抵挡。
跟着威廉宗教鼎新的不竭深切，英格兰王国境内大部分教区主教、堂区和修道院都已经被威廉任命的诺曼人主教、教士们所节制，本来由英格兰教会征收的什一税也源源不竭地汇入威廉的王室金库中。
不过，英国的教务活动并未完整停止，此时威廉还“推举”出齐彻斯特、埃克塞特、林肯、利克菲尔德等4个教区的新主教。
1048年11月，英格兰御前集会通过了《至尊法案》，宣布国王是英格兰教会独一无2、至尊无上的领袖，并将与罗马教皇断绝统统来往。
随后威廉频繁拔除各郡盎格鲁萨克逊人主教，同时任命诺曼人教士为各地主教神甫，掌管各郡堂区修道院。
1048年8月9日，崇高罗马帝国天子亨利三世的表兄弟、诺德高伯爵和德意志主教布鲁诺在亨利三世的帮忙下登上了圣伯多禄的御座，继任教皇，称利奥九世。