这时候，毛文龙麾下凶悍刁悍的官兵稀有万人，都怕袁崇焕的威风，没有一个敢乱动的。袁崇焕命人用棺材埋了毛文龙。第二天，用肉酒等祭品祭奠他说：“明天杀你，是朝廷的法律；明天我祭奠你，是出于同僚、朋友的豪情。”并为他落下了泪。接着分拨毛文龙的兵士二万八千报酬四协，任用毛文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首级。收回毛文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管。又犒犒军士，传檄安抚各岛群众，全数拔除了毛文龙的苛政。回到镇上今后，把毛文龙一事上书陈述天子，开端说：“毛文龙作为大将，不是我能够私行诛杀的，以是我谨席橐待罪。”当时是崇祯二年（1624）蒲月。庄烈帝俄然听到这个动静，大吃一惊，但想到毛文龙既已死去，当时又靠着袁崇焕，以是就以赞美的态度下圣旨嘉奖他。不久又传旨公开毛文龙的罪过，用以稳定袁崇焕的心；毛文龙埋伏在都城的虎伥，也号令法司加以搜捕。袁崇焕又上书说：“毛文龙一介匹夫，不守法竟至于这类程度，是因为外洋便于反叛。他的军队连老带幼一起算有四万七千人，遁辞十万，并且中间有很多百姓，兵还不到两万，私行设将领千人。现在不便于再设总帅，就以继盛代行其事，如许算来是便利的。”崇祯答复能够。
袁可立去，毛文龙无人能御，导致了厥后一系列悲剧事件的产生，这能够也是毛文龙和当时的明廷所始料未及的。
纵观明朝巡抚节镇登莱，袁可立是独一从大局解缆长时候有效支撑毛文龙的登莱巡抚。袁可立上任不到十个月，毛文龙就被加秩进阶直赐尚方剑。[2]他御文龙多得管束之功，毛文龙的首要战绩和名誉都是在这一期间获得的。毛文龙在袁可立的搀扶下不竭被加秩晋阶，开端恃功自大，而当时朝官对毛文龙的质疑声浪日高。天启三年十月，天子嘉奖道：“巡抚佥都御史袁可立厥治行劳哉，赐汝朱提文蟒。汝嘉而毛帅骄愎不协，蛊于兵，满蒲、昌城袭报用敢献功。”[3]“乃满浦、昌城之捷，谓兵不满千，未交一战，不遗一矢，而使（虏）自相踩踏，其被炮死者二万不足，马之走死者三万不足，止余真夷二万。公（袁可立）心颇疑之，私谓敷实而后报，不失于慎。”[4]“因而移檄东江，核其真假。而毛帅嫉公如仇，嗾言官寻端中之。”[5]袁可立奉旨查对他的战报和军饷，由此为毛帅忌恨。这时俄然就有一个阉党宋祯汉苟合本身的几个同年东林人士宋师襄、方有度、庞尚廉等构成的好处个人操纵了毛文龙和袁可立的冲突，轮番歹意进犯袁可立。乃至于天启天子看不畴昔，公开打抱不平切责道：“大臣去留悉听上裁，言官论人当存大抵，不必连章抟击。”[6]时朝中阉党横行，党派相攻者无虚日，而阉党也欲撤除袁可立以剪孙督师之翼。袁可立没成心气用事，而是“力柔其（毛文龙）骨”[4]，劝毛“臣子勿欺”，“公（袁可立）故奇其（毛文龙）胆智。”[4]他以为毛文龙的存在事关明金战役大局，不是随便找小我就能替代的，最后是本身挑选了“功成身退”。