天启七年（1627年），明熹宗驾崩，明思宗朱由检即位，设想将魏忠贤撤除，并把之前冒领军功的人削职。在朝中大臣的建议下，袁崇焕得以重新被启用，被任命为兵部尚书兼任右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务。同年七月，袁崇焕返回都城，上疏陈述兵事，朱由检于平台召见袁崇焕，袁崇焕宣称本身能够五年复辽，朱由检对此大加赞美。给事中许誉卿问袁崇焕复辽的战略，袁崇焕却说是用这类话安抚皇上。许誉卿说：“皇上贤明，怎麽能够随便应对。他日遵循刻日寻求效果，你该怎麽办？”袁崇焕也感觉本身讲错了，因而上奏说：“五年复辽的打算不轻易完成，陛下既然拜托给臣，臣怎麽敢推让这艰巨的任务。但是五年内，户部转运军饷，工部供应东西，吏部用人，兵部调兵选将，必须朝廷表里事事共同，才气有所胜利。”朱由检因而让四部的臣遵循袁崇焕的话办。[26]
崇祯二年（1629年），袁崇焕以东江毛文龙固然能管束后金军，但毛文龙破钞的赋税实在太大，袁崇焕上书要求让朝廷派人来办理毛文龙部的军饷，毛文龙不喜好有文官监制着本身，因而上书辩论。而后毛文龙前来拜见袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼欢迎毛文龙，毛文龙也不谦让，袁崇焕因而决定杀掉毛文龙。[29]
袁崇焕因为行事风格的题目，曾经让正视他的孙承宗大为大怒，[65]擒杀毛文龙也是袁崇焕私行主张。他的同事王在晋以为袁崇焕固然死于国法，但是他的功绩不成淹没，[66]但同时，他也以为袁崇焕的死是自取灭亡。[67]
杀毛文龙
同年蒲月，袁崇焕以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设席与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，毛文龙没有发觉到袁崇焕的来意。袁崇焕发起变动虎帐轨制，设置监察官员，毛文龙对此建议感到不欢畅，袁崇焕用回籍来打动他，毛文龙说：“我向来有这个意义，但只要我晓得辽东的事件，辽东的事情处理后，朝鲜衰弱，能够攻击占有。”袁崇焕对毛文龙的答复感到不欢畅。[30]
袁崇焕的事迹、批评几百年来一向争辩不休，正如孟森在《明本兵梁廷栋请斩袁崇焕原疏附跋》中提及，明末期间汗青记录非常混乱，即便是与其耳目相干的人，其恩仇纠葛也特别庞大。此中，首要争议的集合点是袁崇焕杀死毛文龙、是否叛变明朝当局等。
魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷等人想趁机给魏忠贤报仇，以私行与后金军媾和、擅杀毛文龙两条罪名定袁崇焕极刑，崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被凌迟正法，家人被流徙三千里，并抄没产业。
己巳之变
而后袁崇焕聘请毛文龙旁观将士射箭，预先在山上设置好帐篷，令参将谢尚政等率兵埋伏在帐外。毛文龙到了以后，他的部下没能入内。袁崇焕说：“我凌晨就走，你担负外洋的重托，请受我一拜。”毛文龙回拜以后俩人开端登山。路上袁崇焕问侍从官员的姓名，大多都是姓毛的。毛文龙说：“这些都是我的孙子。”袁崇焕笑着说：“你们在外洋悠长劳累，每月禄米只要一斛，说来痛心，也受我一拜，请为国度极力。”世人都叩首伸谢。[31]
崇祯二年（1629年）十一月，后金主皇太极举兵数十万别离进入龙井关、大安口，袁崇焕听闻后带领祖大寿、何可刚入关保卫，所颠末的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城，都分兵留守。天子朱由检得知后非常欢畅，命令嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领批示各地救兵。[34]