秦始皇身后，秦二世胡亥即位。二世宠任赵高，赐死扶苏，诛杀多位旧臣，包含蒙恬、李斯等人。当秦二世筹办侵犯蒙恬时，子婴曾劝止二世说：“赵王迁杀死李牧而任用颜聚，齐王建杀死他前代的忠臣而任用后胜，成果都使国度灭亡。蒙氏，是秦国的大臣、谋士啊！而陛下您想一时就把他们杀掉，臣暗里以为不当。诛杀忠臣而举用没有德行的人，是使朝廷内群臣互不信赖，而使在外的将士们意志丧失啊！”但秦二世不平从他的谏言。
在两汉期间的史乘《史记》、《汉书》原文及《史记》三家注、颜师古注并无提及子婴为扶苏之子。
据《秦始皇本纪》、《李斯传记》记录，胡亥对待本身的兄弟毫不手软，子婴若为胡亥的兄长，为何能存活下来？秦始皇死时年仅50岁，扶苏春秋约莫为30岁摆布。而《秦始皇本纪》中论述子婴与“其子二人”行刺赵高（与《李斯传记》中所述杀赵高过程分歧），其子春秋起码有15-20岁摆布，推断子婴春秋当为35-40岁摆布，比秦始皇小10-15岁摆布，与扶苏年纪大抵相称。
另有学者李开元、马百非等人提出第四说，论点以下：
公元前206年玄月，赵高令子婴实施斋戒，要到宗庙施礼，接管传国的玉玺。颠末端五天，子婴与他两个儿子及宦者韩谈谋议说：“丞相赵高在望夷宫杀了秦二世，惊骇群臣们诛杀他，便假作是行德义而立我为王。我传闻赵高竟与楚国商定，毁灭我国的宗族后朋分地盘在关中称王。现在要我斋戒，到宗庙敬祀先人，这是想趁机在宗庙中杀死我。我推托有病不能去，丞相必然会亲身来到我这里；他一来我们就杀了他。”赵高几次派人来请，子婴都不去宗庙。公然他亲身来到斋宫，子婴便号令亲信韩谈刺死赵高，并诛灭赵高三族。
刘邦义兵最早进入关中，子婴遂派将领率兵至峣关抵抗，刘邦带军绕过峣关，超出蒉山，在蓝田一带两度大败秦军。公元前206年十月，进入武关，达到灞上后派人劝子婴投降，并获得子婴的同意。子婴遂与老婆用绳捆绑本身，坐上由白马驾驶的红色马车，身着死者葬礼所穿的白装束，并带同天子御用物品（包含玉玺和兵符），在轵道亲身至刘邦军前投降。秦朝在子婴投降的那一刻正式灭亡，以是子婴共当了四十六天秦王。樊哙发起杀了子婴，刘邦并没有正法子婴，而是把他交给随行的吏员把守。一个多月后，项羽亦带领雄师达到关中。刘邦的部将曹无伤向项羽称刘邦将以子婴为相而自主为关中王，成果项羽设下了鸿门宴。项羽入咸阳城后，立即杀死子婴，并停止了大搏斗及放火。子婴身后，有关他安葬的地点一向不详。