邓上任后，招揽了很多名流学者，编辑出版了《黄埔周刊》、《黄埔季刊》、《黄埔丛刊》，自发得又可觉得所欲为了。岂不知蒋对他余恨未了，在一次活动中用心让他当众出丑。同年秋，中心军校十五期第一总队在成都停止毕业典礼后，蒋亲身主持，蒋在大操场边走边巡查，邓也跟在后边。蒋突然转头对邓说：“你到处跟着我走，是否感觉标致些？我不肯意看到你这副嘴脸，你给我滚下去！”当时邓在全校师生和浩繁来宾面前遭到如此奇耻大辱，真是无地自容，待典礼一完便气冲冲地跑回家去了。
抗日战役胜利后，蒋介石采取了美国的建议，将原军委会政治部第一厅改成国防部消息局，后又改成政工局，一向由邓文仪但任局长，同时，邓还担负了百姓党国防部军事发言人的职务。内战期间百姓党中心社的有关军事消息几近满是通过邓文仪之口转述的。这一期间，他的首要事情就是卖力战地鼓吹和军事消息公布，被人称为“辟谣公司”总经理和满天飞的“空中使者”。
10月14日，百姓党军警俄然宣布大桥“告急戒严”。不久，又宣布戒严，车马行人还是行驶。可儿们那里晓得，丧芥蒂狂的反动派已经在他们脚下安装了400多箱黄色火药。下午6时，跟着一声惊天动地的巨响，钢架布局的珠海大桥腾空而起，桥上的统统化为乌有，路过行人炸得粉身碎骨，桥下的船只也瞬息间化为支离破裂的木板，一时候，珠江两岸嗟叹声四起，惨绝人寰。过后统计，海珠桥血案形成哀鸿三千，死伤五百，沉毁民船百余艘，震损房屋数百间，海珠桥血案教诲了广州群众，更加强了他们对百姓党的非常仇恨。
邓文仪在办拔提书店的同时，还采集留苏门生中一些反共分子如王志文、王新衡等人，以研讨苏联的“契卡”、“格柏乌”为借口，动手研讨和筹办建立反共间谍构造。1932年初，他提出了建立这类构造的建议，获得了蒋介石的批准，随即在南昌行营、豫鄂皖三省“剿匪”总司令部及保安行营别离设立以“调查科”或“第二科”称呼呈现的间谍机构。这些间谍机构均以南昌行营的谍报科为总构造，邓文仪为科长。这是军事方面的第一个蒋介石的间谍体系，也是军统的最早家底之一。随后，邓文仪又在各“剿匪”军队以及“剿匪”省分的保安处设立了谍报股，卖力在各军事构造和军队驻地搜捕共产党人，弹压反动活动，并替蒋介石监督“剿匪”军队各级长官以及处所长官。厥后答复社的间谍处建立，邓文仪部下的间谍职员，一概拨归戴笠掌管。
长沙叛逆前夕，陈明仁尚在踌躇。蒋介石派邓文仪飞抵长沙做陈明仁的事情。邓、陈二人同为黄埔一期，私交很深。邓文仪向陈明仁转交了蒋介石的亲笔信，并对他说：“子良兄（陈明仁号子良），你我都是校长的门生，现在很多都在叛变他，他待你我不薄，你可不能见利忘义啊！”陈明仁听了低头不语。邓又说：“不要忘了你是血战四平的豪杰，共产党能忘了那笔血债吗？”陈明仁听了此话颇感不快。他昂首对邓说：“此一时，彼一时，陈或人并不是因为怕死才有此举的。”当时，叛逆已迫在眉睫，陈明仁的部下建议将邓文仪截留交给共产党。陈则说：“邓是一介墨客，又是信使，人各有志，道分歧不相谋。”邓文仪见陈明仁主张已定，只好悻悻而去。