既再游江都，圣心熏法，令着《净名疏》，不揆暗识，辙述偏怀。玄义始竟，麾盖入谒，复许东归。而吴会之僧，咸欣听学。山间虚乏，不成聚众。束法待出，访求法门，暮年衰弱，许当野蛮，今出期既断，法门亦绝。字里行间充满痛切激愤之情，表达了一名殉道者对于世道不公的最后抗诉。
开皇十六年（596年）三月二旬日，智觊再主要求分开江都，他修书杨广曰：“露台既是寄终之地，以是恒思果遂，每嘱弟子，恐命不待期，一旦常身充禽鸟，燃烧余骨送往露台，愿得次生还栖山谷，求学成办乃可利人。”不日，智觊与杨广见面，劈面告别，“麾盖入谒，复许东归”。杨广诡计操纵智觊的政治图谋再一次落空了。
智觊既死，杨广转而死力延揽江南另一高僧吉藏。吉藏是佛教另一宗派三论宗的宗师，传闻是“安世高苗裔”，开皇九年（589年）南陈亡之时，40岁的吉藏与智觊一样都分开了建康。智觊西去，吉藏则东走会稽山禹穴嘉祥寺，在此一住就是十多年，因此被称为嘉祥大师。他和智觊一样也多次回绝了杨广的致书累请，至开皇末年，终究被杨广召到江都，主持慧日道场，所回礼敬与智觊大师不相高低。厥后他又随杨广延居长安日严寺，声振中原。杨广即天子位后，吉藏即成为隋朝佛教界的首级人物。
智觊门人灌顶编辑的《国清百录》收录了杨广与智觊来往函件40多封，杨广每封信都必称弟子，言极谦恭，没有涓滴王者的口气相逼迫。智者大师对弟子杨广也始终是非常尊敬的，临死之时，仍将其遗着《净名义疏》三十一卷托付给杨广，并嘱请杨广为南岳大师慧思作碑颂，又“乞废寺田为露台基业”，并请度僧，“为作施主主”。他说：“此等之事，本欲面咨，未逢机遇奄成遗言，亦是为佛法为国土为众生”，但愿杨广护持露台教团。
但是，智觊大师的申述并非批评弟子杨广，杨广只是一个藩王，上有父皇和太子杨勇，不是杨广说了就算。而大一统的天下局势又要求认识形状的高度同一，同一政官僚求有呼应同一的宗教，建立为王朝所用的最高神学。杨坚在灭陈后不久就催促智觊要“以同朕心”，和朝廷保持分歧，智觊却不但不主动归依新朝，反而不肯“依违顺彼”，要“绝域远避”，“虽在人间，弗忘山野”，想自在地弘法布道，明显不容于当世，有悖于当时的政治情势。对于杨广来讲，他坐镇江都，受命统领旧陈之地，必定要做到江南的宗教思惟与朝廷的分歧，因为智智觊在江南宗教界的名誉，杨广不但要节制智觊，还想操纵智觊的影响力，就像拉拢操纵江南玄门首级王远知一样。王远知束手就范，但智觊却凛然不附。智觊的孤傲不平当然宝贵，而杨广对桀骜不驯的大师却也自始至终没有卤莽简朴地施之以毒害，而是很有耐烦地一次又一次地延屈，施之以惠，竭尽尽力地拉拢，但愿硬化智觊，使智觊戴德就范。
关于智觊的死，中外很多学者提出质疑，以为智觊不是普通病故，而是遭“**”而亡，因为杨广的汗青臭名，毒害智觊的祸首天然算到了他头上，遂成为一桩千古疑案。杨广与智觊来往前后六年，二者的干系因各种身分的掺杂而显得非常庞大，我们有需求扒开迷雾指出二人来往的本色，并作出客观公道的评价。