袁绍见世人各自分离，就领兵拔寨，离洛阳，投关东去了。
初平三年四月，献帝有病初愈，众臣朝会于未央殿。董卓乘车而入，以兵保护道旁，并使吕布随车戍卫。王允使尚书仆射士孙瑞写诛卓圣旨托付吕布。吕布令同亲骑都尉李肃带懦夫十余人扮作卫士埋伏于朝门内，董卓入，李肃一戟将其刺倒，吕布随即将董卓刺死。
却见袁绍唤来一军士，言道：“打捞之时，有此人否？”
袁绍心中大怒，却又不得发作，只能强自忍下。
初平三年初，董卓因事欲杀吕布，吕布心生嫌怨，告于司徒王允。王允等见机会来到，遂劝谕吕布杀董卓，为天下除害。
其倒行逆施引发朝臣激烈不满。司徒王允、司隶校尉黄碗、尚书杨瓒等暗害杀掉董卓，董卓自知为人所怨，出入常以勇猛过人的中郎将吕布作保护。
孙坚既得粮草幾重，也不欲久留，次日便往袁绍处告别：“孙某赴盟以来几次充当前锋，却频频得不到兵马粮草援助，只要明枪暗箭叠至，现在积劳成疾，欲返回江东……”
袁绍喝道：“汝自建章殿井中捞出传国玉玺，吾已尽知！作速取出，免自生祸！”
董卓残暴好杀，诸将稍有言语差失，当即正法，又以背叛之名，大杀关中旧族。
初平三年（192）蒲月，董卓被诛今后，其部将李傕、郭汜、张济、樊稠等人恐忧不安，遣使到长安祈求赦免。时王允执掌朝政，不予赦免。
孙坚大惊，万幸玉玺已经送出，料定有人告发，不动声色：“盟主何出此言？”
董卓吕布皆乃好色之人，早在洛阳之时，王允便想设美人计除之，怎料迁都之时不见了貂蝉，故此迟延至今。
王允沉吟好久，思及府中歌伎红袖。红袖乃是迁都之时被王允救下，因其无处容身，又通习歌舞，故留于府中充做歌伎，感王允大恩，尝言：倘有效妾之处，万死不辞！
更有虐杀北地降卒，或断其手足，或凿其眼睛，或割其舌，以大锅煮之，邀百官同食。其间，哀号之声震天，百官战慄失箸，独董卓饮食谈笑自如。
孙坚闻听此言，更幸将玉玺交与袁术而非袁绍，面色安然：“玉玺不在吾处！”
“背主之人，当有此了局！孙某告别！”孙坚带人便走，涓滴不顾及袁绍颜面。
董卓既死，长安兵民百姓相庆于道，卫士皆呼万岁，尽诛董氏宗族。因而，朝廷以王允录尚书事，以吕布为奋威将军、假节，仪比三司。
众诸侯闻言，很有深意的看着袁绍，要晓得袁术也是袁氏之人，二人在外人眼中本是一体，袁绍先前那番行动，很有贼喊捉贼的怀疑啊……
初平二年，董卓大败于孙坚，回到长安后，威福更盛，盗用天子车服，并命尚书以下众官有子皆至其相府禀报。
玄月，李傕自称车骑将军、领司隶校尉、假节，郭汜自称后将军，樊稠自称右将军，张济自称骠骑将军。皆封侯。因而李傕、郭汜、樊稠等共执朝政，张济出屯弘农，遥策应。
两人议定，派人请袁术商讨，袁术欣然应允，得了玉玺便率军往南阳去了。
只听袁绍言之凿凿：“今发兵讨贼，为国除害。玉玺乃朝廷之宝，公既获得，当对众留于盟主处，候诛了董卓，复归朝廷。今匿之而去，意欲何为？”
又以其弟董文为左将军，从子董璜为侍中、中军校尉，皆典兵事。大封其宗族，董氏襁褓中婴儿皆得封，男皆封侯，女为邑君。