韩爌和孙承宗差未几年纪，甚为不平，“孙军机此言大谬，天下所创书院皆为官民所赠田产，并未破钞朝廷一粒米麦，何来糜费之说？课业所教不过儒家典范，讲会所议皆为时政，又何来谋逆之说。”
书院凡是为官民请旨所创，财务（支出来自荒地、捐募地等学田支出）、人事、招生皆不归朝廷统领，他的昌隆与明中叶官学称为科举的附庸（正德以后，‘国粹之制渐堕，科举之弊孔炽，士大夫复倡讲学之法，而书院又因之以兴。’）以外，还与心学的传播密切相干。
正如叶向高疏中所言，科举的招考教诲使得读书人思惟监禁，只知追逐功名，使得教诲落空本来意义而成为科举的附庸，以是有识之士为挽救这一弊政而创建了书院。
“髯中间，按祖制，凡在野贤人、有志懦夫、朴素农夫、商贾技艺皆可经通政使司具名奏陈官方利病，何来梗阻？任贤荐能、严厉朝廷律令乃内阁及各部本职，岂能任由心胸不轨者聚众指手画脚、勾引民气？”
私学遵循性子可分为发蒙及初级研修，发蒙的私学有义学、乡塾、私塾、家塾等项目；研修的私学多由名儒执教，如吴与弼、陈献章和陆树声（袁可立、董其昌的授业恩师）收徒都属私学。
朱由校晓得他们为何而来，出言制止道，“本日所议之事干系严峻，孙徒弟留下帮朕参详参详。”
幸亏，朱由校多出几百年知识，晓得哪些学科该当鼓励，哪些该当遏止，不会形成学术不兴的征象。
但什物都有两面性，因王湛心学的门徒对师说了解不一，相互纷争，更有甚者徒尚空谈，‘守仁倡知己为学者，久益敝…有以纵恣为天然者’，‘士之浮诞不逞’。
刘一燝、韩爌等在大殿细数书院的各种好处，将孙如游、方从哲问的几近哑口无言，朱由校看着他们唇枪激辩，不由莞尔。
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因而，各学派为招收门徒，便以此传播各自的学术观点，便广建书院，如宋朝时朱程理学（白鹿洞、岳麓书院），明朝的王明阳（会稽山书院）、湛若水（云谷、大科等书院）的心学便为聚徒书院。
朱程理学至嘉靖，‘且数百年矣，诸廉洛之微言大义既绝，乃言理烂然，即孺子谙之’，与之相反，王阳明、湛若水各创的心学倒颇受推许。
禁毁书院在这之前有两次，一在嘉靖十七年，一在万历七年，但因书院有会商学术、传播思惟的本质，两次都不完整。
垂垂的，这类讲会便跳出了学术范围、离开书院形制，靠近社会演讲，加上参与讲会的大儒不时退隐，居官论政，使得东林可遥制朝权、挟制边镇、把持处统统司，从奥妙重权到诉讼小事，无不干预。
为遏止这类‘矫诬不学，率性自适’的不良士风，东林学派应时而生，他们抨击心学不务实学的空疏，企图重塑朱程理学，倡导实学。
孙承宗看不过眼，代为解释道，“世庙曾下旨‘书院应建立者，必须请旨，教官生员悉令于本处肄业，不准刊刻册本、刷印送人，糜费民财’，故《京报》所载并无弊端，朝野世人夸大其词。”
“书院标榜讲授明理，亦可算黉舍，为何不从？”
“够了。”朱由校订他们相互偷换观点的‘廷辩’兴趣缺缺，高喊一声后，见几人看向本身才不疾不徐的说道，“不准私创书院乃本日所议之底子，诸位所争偏题甚远。至于谋逆，韩中间，聚众数落朝政不是谋逆又是为何？”