明光宗继位后。曾下诏让他还朝，叶向高一再推让，但无济于事。天启元年，已经六十二岁的叶向高回到阔别六年的北京，再一次被套上了鞍索。既然已经接任那就尽力去做，这是叶向高的原则。上任之初他就给年青的天启帝上了一份奏疏，规劝他公布诏旨要慎重，有甚么事让内阁大臣们写好呈上以免滋长疑义。初即位的小天子朱常洛很听话表示接管叶向高的建议。
“不知陛下招臣进宫有何事相商呢？”神宗对他微微一笑：“你的奏章朕已经看了，你对此事有甚么设法吗？说说吧？如何措置这件事？”叶向高想了想建议天子将两方面的人都别离送往大理寺鞠问便可弄清真相。又劝神宗沉着措置，不必惶恐张扬，使宫廷表里惶惑不宁。神宗听了叶向高的话笑道：
“这是一件非常严峻的大事情，叶向高身为首辅如何没有措置？来人呀，给朕把叶向高捆了来”寺人和内侍听了赶快上前道：“陛下息怒，叶向高早有奏章照实上报。”神宗天子愣了一下：“朕如何没有看到？他的奏章呢？拿过来让朕瞧瞧。”一个内侍回声退了去。没过量久，他就把叶向高的奏章双手呈了过来。神宗看后表情略微安静了一些把奏章放到案了上：
“此次你可把皇上给惹急了？如若不从，皇上是要治你罪的。”叶向高只是一笑并没有服从。笑着对寺人道：“外廷纷繁传言陛下想借道贺皇太后大寿为名留下福王，相约千人跪在宫门外要求福王去封国。明天如果真下达这道号令，民气更加疑惧，必然会信赖王日乾的妖言，朝廷表里必将不能安宁。你归去照实把我的话告之陛下。结果我愿承担。”寺人一时无语只好带人分开叶向高的私宅。回到神宗那边把话讲了，神宗无可何如，只好顺服叶向高的定见让福王去封国洛阳。叶向高见福王去了洛阳，自已也写了一份辞职奏章告老回籍。
叶向高在故里的故乡山川中游冶憩息了六年。在山间水畔，他停歇的表情偶而也会掀起一层波纹，转头望北方的京师顿生无穷感慨。数十年的宦海生涯使他没法割舍对政局的存眷。对国运的忧愁。但底下头想一想，自已不是曾在阿谁旋涡中苦苦挣扎了多年么。成果又如何呢？看一眼身边无言的青山绿水，他驿动的心又垂垂停歇。
但是郑贵妃毕竟不会让儿子福王去洛阳，遁辞说来岁夏季是皇太后的七十寿辰，福王应留下来插手道贺。神宗依其爱妃之意命令内阁宣布这一号令，叶向高接到皇上的号令却自作主张把神宗天子的号令留下不宣布，而请本年夏季预先停止道贺皇太后的寿谦逊福王准期去封国。神宗传闻此事内心非常不爽，没想到叶向高竟然擅改他的号令，因而让寺人到叶向高私宅勒迫他下达日前皇上的号令。寺人进了宅子先是要了一壶水喝了二口然后一屁股坐到椅子上跷起二郎腿斜着眼：
朝政已被魏忠贤为首的阉党把持，自已说的话在朝中已无分量，叶向高去意又生。他接二连三上疏要求罢官，天启帝踌躇当中还是拿不准主张，是让叶向高罢官回籍呢？还是让他持续留任呢？但魏忠贤一伙死力在天子面前鼓吹，天启天子只好充许叶向高去官。叶向高一走，阉党大喜过望，大棒肆无顾忌地到处挥动。朝中腐败廉洁之士无所依托，东林党杨涟，左光斗等人前后惨遭欺侮殛毙，朝中仁慈朴重之士为之一空。