叶向高走后，神宗又把他的奏章从书案上拿起看了一遍大感奇才。第二天，叶向高又献策说：“王日乾的奏疏不宜发下，如果收回则上惊皇太后，下惊皇太子，郑贵妃。福王也会感到不安。应号令有司将奸人定罪，并且敏捷肯定福王来岁春季去封国洛阳的日期，如许一来世人也无话可说。必然天下无事。”神宗这将完整信赖了叶向高的话也按他的话办了。皇太子和福王各得相安。机灵的叶向高此次可谓是一箭双雕，既停歇了一场事情。又达到了让福王去封国的目标。
“不知陛下招臣进宫有何事相商呢？”神宗对他微微一笑：“你的奏章朕已经看了，你对此事有甚么设法吗？说说吧？如何措置这件事？”叶向高想了想建议天子将两方面的人都别离送往大理寺鞠问便可弄清真相。又劝神宗沉着措置，不必惶恐张扬，使宫廷表里惶惑不宁。神宗听了叶向高的话笑道：
从这口气来看很较着指向郑贵妃。
叶向高虽志薄云天又能如何呢？神宗在叶向高持续十多次奏请以后。答应他以少师兼太子太师退休，并赐与嘉奖。叶向高在临行之前，还是向神宗表达了他最后一次忠心。他再一次谈到太子进学和官员空缺这两件他在任上时没有妥当处理的事情。但此次仍然没有撼醒顽石般的神宗朱翊匀，这让叶向高非常绝望，算了吧，归去来兮，故里的山川无怨无悔地在等着远方的宦游人。
“我们父子兄弟得以保全了。按你的体例措置，先不张扬。”
“宣向高进宫见朕。”寺人因而跑了出去。传闻皇上要见他，叶向高毫有害怕的进了宫来到神宗天子面前。神宗对他笑了笑：“请坐吧叶爱卿。”叶向高谢过坐在了神宗身边：
朝政已被魏忠贤为首的阉党把持，自已说的话在朝中已无分量，叶向高去意又生。他接二连三上疏要求罢官，天启帝踌躇当中还是拿不准主张，是让叶向高罢官回籍呢？还是让他持续留任呢？但魏忠贤一伙死力在天子面前鼓吹，天启天子只好充许叶向高去官。叶向高一走，阉党大喜过望，大棒肆无顾忌地到处挥动。朝中腐败廉洁之士无所依托，东林党杨涟，左光斗等人前后惨遭欺侮殛毙，朝中仁慈朴重之士为之一空。
“此次你可把皇上给惹急了？如若不从，皇上是要治你罪的。”叶向高只是一笑并没有服从。笑着对寺人道：“外廷纷繁传言陛下想借道贺皇太后大寿为名留下福王，相约千人跪在宫门外要求福王去封国。明天如果真下达这道号令，民气更加疑惧，必然会信赖王日乾的妖言，朝廷表里必将不能安宁。你归去照实把我的话告之陛下。结果我愿承担。”寺人一时无语只好带人分开叶向高的私宅。回到神宗那边把话讲了，神宗无可何如，只好顺服叶向高的定见让福王去封国洛阳。叶向高见福王去了洛阳，自已也写了一份辞职奏章告老回籍。
天启八年，天子病逝，叶向高也于同月去世，长年六十九岁。
“这是一件非常严峻的大事情，叶向高身为首辅如何没有措置？来人呀，给朕把叶向高捆了来”寺人和内侍听了赶快上前道：“陛下息怒，叶向高早有奏章照实上报。”神宗天子愣了一下：“朕如何没有看到？他的奏章呢？拿过来让朕瞧瞧。”一个内侍回声退了去。没过量久，他就把叶向高的奏章双手呈了过来。神宗看后表情略微安静了一些把奏章放到案了上：