明光宗继位后。曾下诏让他还朝，叶向高一再推让，但无济于事。天启元年，已经六十二岁的叶向高回到阔别六年的北京，再一次被套上了鞍索。既然已经接任那就尽力去做，这是叶向高的原则。上任之初他就给年青的天启帝上了一份奏疏，规劝他公布诏旨要慎重，有甚么事让内阁大臣们写好呈上以免滋长疑义。初即位的小天子朱常洛很听话表示接管叶向高的建议。
皇上心想自已的爱妃如何做出这等肮脏之事呢？神宗一时候恼羞成怒背着二只手绕着宫殿来回走了好几圈，然后停下回身对王日乾道：
“这是一件非常严峻的大事情，叶向高身为首辅如何没有措置？来人呀，给朕把叶向高捆了来”寺人和内侍听了赶快上前道：“陛下息怒，叶向高早有奏章照实上报。”神宗天子愣了一下：“朕如何没有看到？他的奏章呢？拿过来让朕瞧瞧。”一个内侍回声退了去。没过量久，他就把叶向高的奏章双手呈了过来。神宗看后表情略微安静了一些把奏章放到案了上：
叶向高在故里的故乡山川中游冶憩息了六年。在山间水畔，他停歇的表情偶而也会掀起一层波纹，转头望北方的京师顿生无穷感慨。数十年的宦海生涯使他没法割舍对政局的存眷。对国运的忧愁。但底下头想一想，自已不是曾在阿谁旋涡中苦苦挣扎了多年么。成果又如何呢？看一眼身边无言的青山绿水，他驿动的心又垂垂停歇。
魏忠贤假传圣旨圣旨殛毙了不凭借自已的司礼寺人王安，任用另一个司礼寺人王体乾和李永贞，石元邪等报酬亲信因而更恣威福宫中内臣谁也不敢稍违他的意旨。
天启八年，天子病逝，叶向高也于同月去世，长年六十九岁。
“宣向高进宫见朕。”寺人因而跑了出去。传闻皇上要见他，叶向高毫有害怕的进了宫来到神宗天子面前。神宗对他笑了笑：“请坐吧叶爱卿。”叶向高谢过坐在了神宗身边：
“不知陛下招臣进宫有何事相商呢？”神宗对他微微一笑：“你的奏章朕已经看了，你对此事有甚么设法吗？说说吧？如何措置这件事？”叶向高想了想建议天子将两方面的人都别离送往大理寺鞠问便可弄清真相。又劝神宗沉着措置，不必惶恐张扬，使宫廷表里惶惑不宁。神宗听了叶向高的话笑道：
从这口气来看很较着指向郑贵妃。