明清期间编辑
明朝也设有太病院，其长官初始称作太病院令，后改称院使。明朝在北京和南京各设一个太病院，但是北京设置的太病院是最高医药办理构造，设有最高医政长官院使，下设院判。而南京太病院只设院判不设院使，以燕从命于北京太病院的带领。清朝只设一个太病院，院使正五品，统辖医药行政及医疗大权，清初，御药房也划归太病院办理，天下医官同一由太病院差派、考核、起落，从而加强了同一带领。但这类体制未能对峙下去，礼部管生药库，总管寺人管御药房，减弱了太病院的服从。清朝中晚期，医政办理较为混乱。总之，从金至清，太病院作为天下性医政兼医疗的中枢机构持续了七百多年。
医学提举司“掌考校诸路大夫课义实验太医教官，订正名医撰述笔墨，辨验药材，训诲太医后辈，领各处医学”。内有提举一人，副提举一人。
康熙十年(1671年)决定，御药房不再附属太病院，直接划归外务府，这是个较大的变动。御药房直接划归外务府后，其所需之药品，每月两次，按利用的种类、数量，则径向太病院传取。每三个月，缮折奏销一次。至于御药房配制药物所用的食品、树枝及器具等，则向有关司署传用。如所用红枣、胶枣、荔枝、龙眼等，行掌仪司(掌内庭礼乐之事，并考核寺品德级)；兔雀等，行都虞司(总管内府山泽之事)，等等。
明朝宫廷除为天子办事的御药房外，还设有专为皇太子、后宫嫔妃和王府办事的医疗机构。
明太病院的三皇庙内，曾有元元贞年间(1295－1296年)所镌、宋王惟德撰《铜人睮穴针灸图经》全文的石刻，其碑之题篆为宋仁宗的御书。石刻是元惠宗至元年间(1335—1340年)自汴梁(今开封)移到这里的。
明成祖朱棣定都北京之初，操纵旧有官舍作为各衙门办事的处所，多散处城区，杂然无序。明英宗正统七年四月(1442年5月)，始在大明门(清时称大清门，在正阳门内。束缚后已裁撤)东，新建很多官署。太病院署也在这里修建。清朝太病院因明署之旧持续设于该处。其切当地点是在天|安门前、钦天监之南，礼部正东，即现在的东交民巷西口路北四周。该院有大门三座，均向西。劈面是照壁，有黑漆誊写“太病院”三字的朱色立额。大门前为门役的住房。左为“地盘祠”(面向北)，右为“听差处”(面向南)。署内有大堂五间，是首要的活动场合，此中吊挂着康熙御赐院判黄运诗：“崇高岂能再，调方比来情。存诚慎药性，仁术尽平生。”大堂左边，有南厅三间，是太医办公的处所。大堂右边是北厅。前面是先医庙，门称棂星，内门称咸济，殿名景惠，南向，殿内供奉着伏羲、神农、黄帝的泥像，有康熙御书“永济群生”匾额。先医庙外北向者为药王庙。庙里有铜人像。连接大堂的过厅是二堂，前面另有三堂五间。
明朝太病院编辑
广惠司“掌修制御用回回药物及和剂以疗诸宿卫士”。内设卿四人，为正三品，少卿二人、二人、经历一人、知事一人、照磨一人。司下设多数及上都回回药物院各一所，并由达鲁花赤一人、大使一人、副使一人卖力，专门掌管回回药物事。