枢密院下设六部，与宋制不异，也普通的是吏部、工部、户部、礼部、刑部、兵部。每部尚书改成一员，每部侍郎改成六人，每部配属簿书、文吏、算官多少。
凡分受官员禀奏，吏部主管封赏以外，还要管各地官吏的任免、官吏的年绩核考、官吏升迁降职等事件。与宋制分歧的是，三娘将各州县小吏也定了品级，正式归入官员体系，也普通的有升迁调剂，而不是像宋朝那样，小吏永久只是小吏，干了几十年还是一个小吏，并且小吏也能通过考核正式升任官员，只不过考核的内容比较变态，难度很高，除了在任时候的政绩以外，还要有一技之长，然后是严格的测验，测验题目天然是近似后代的公事员测验，只不过扈元朝的公事员测验更重视合用。
户部主管天下赋税、人丁口数、农田地盘数量、各军甲器、各种牲口数量等，总之户部不但承担了后代统计局的差事，还兼着渔业部和农业部的差事。本来三娘想要一次性把后勤部和农业部伶仃剥离出来，但总感觉一下子搞出八部来也过分烦琐，还是精简些机构较好，是以在户部下设了渔业司和农林司。
刑部除了掌管科罚以外，三娘设立了监察司，首要就是卖力监察百官的规行。同时刑部被剥夺了公布刑法的权力，刑部此后就尽管查案、审案、断案，扈元朝统统的法律皆由中书令公布。刑部多出的一个司部是差人司，刑部掌管的差人司卖力办理各地设立的差人所，就是卖力保持处所治安。
参谋部便是朱武为首，官拜枢密院佥事，下首有唐斌、文仲容、孙安、李应、朱仝、杨志六员大将为辅，官拜枢密院院判。谍报司以燕青为首，官拜枢密院佥事，下首马灵、郑鹰、时迁、白胜四报酬辅，官拜枢密院院判。
水兵部以李俊为首，旗下辖四大水兵舰队并长江、黄河两大南北水系内河水军。四大舰队便是北海舰队、南海舰队、东海舰队以及远洋舰队，别离以阮小2、阮小5、阮小7、张顺为提督，总领四大舰队，“赤须龙”费保、“卷毛虎”倪云、“瘦脸熊”狄成、“太湖蛟”卜青四人分为四大舰队副提督。另有张横为内河海军总提督，童威童猛两兄弟别离为南北海军提督。