晋廷因叛党悉平，当然戒严。有司发掘王敦尸首，焚去衣冠，扶尸跪着，枭去首级，与沈充首同悬高桥。郗鉴入奏明帝道：“前朝诛杨骏等人，皆先加官刑，后听私殡。臣觉得逆敦既伏王诛，无妨使全私义，可听敦家收葬，借示皇恩。”明帝准如所请，乃将敦首取下，听令葬埋。敦党周抚邓岳，相偕出亡。抚弟光拟给兄路资，阴图执岳。抚怒道：“我与邓伯山同亡，如欲害邓，宁先杀我。”伯山即岳表字，俄而岳至，抚即趋出，遥与岳语道：“快去！快去！我弟尚不相容，何论别人。”岳回身返走。抚亦获得资斧，追及邓岳，同窜入西阳蛮中。厥后再经大赦，才得东还。
明帝本已出屯南皇堂，闻叛党尽走，乃还宫大赦，惟敦党不在赦例。申命庾亮督同苏峻等军，往追沈充。温峤督同刘遐等，往追王含钱凤。含奔回姑孰，拟挈王应同奔荆州。应谓不如投依江州。含皱眉道：“大将军生前，与江州屡有龃龉，何如往依？”应对道：“正为江州常日异趋，以是宜往。彼时大将军兵马强大，江州尚不肯阿附，识见高出凡人，今见我困阨，必定相怜，不致侵犯。若荆州守文拘束，怎能不测行事呢？”王应虽少智过乃父，但天道恶淫，岂容竖子漏网？含不肯依言，竟与应载一扁舟，往奔荆州。荆州刺史王舒，遣兵出迎。俟含父子入城，立命拿下，缚停止足，投诸江中，目睹是葬身鱼腹了。江州刺史王彬，却密具舟楫，静待王含父子，日久不至，料知窜死，却引为己恨。王含为逆，何足深惜，彬亦未知大抵。钱凤走至阖庐洲，为周光所杀，函首诣阙，自赎前愆。沈充奔回吴兴，闻故吴内史张茂妻陆氏，招茂旧部，在途中等待充至，将执充脔割，为夫复仇。茂为充所杀，见三十五回。充不敢竟归，绕道奔窜，竟致迷途，误入故将周儒家。儒诱充入复壁中，因笑语充道：“我本日得三千户侯了。”充始知为儒所赚，乃流涕与语道：“汝能顾义活我，我必厚报，若为利杀我，我死必令汝灭族，不要悔怨。”儒竟杀充，传首建康。充子劲，例当坐诛，为村夫钱举所匿，幸得免死。厥后劲竟灭周氏，如充所言。充为叛贼，顾能作厉鬼耶？
寻阳太守周光，系周抚弟，因王敦举兵，也率数千人助敦。既至姑孰，与王应相见，便欲入省敦疾。应嗫嚅道：“我父病中，不肯见客，且待异日进见罢！”光退语道：“我远道来赴，不得一见王公，想必是已死了。”遂急赴军前，去探乃兄。抚闻光至，当然出见，光开口便语道：“王公已死，兄何故与钱凤作贼？”大众闻言，都不堪惊诧，连周抚亦有悔心，即夕遁还。王含势孤失援，也毁营夜遁。
明帝加封王导为始兴公，温峤为建宁公，卞壷为建兴公，庾亮为永昌公，刘遐为泉陵公，苏峻为邵陵公，郗鉴为高平侯，应詹为观阳侯，卞敦为益阳侯，赵胤为湘南侯，下此按功晋秩，不堪殚述。有司奏称王彬等为敦亲族，均应除名，复诏谓：“司徒导大义灭亲，应宥及百世，况彬等皆司徒近支，无庸再问。”大义灭亲四字，恐导不敷当此。惟王敦法纪，悉令除籍，参佐并皆监禁。温峤又上疏解免道：
明帝览疏，颇加打动，特下群臣议决。郗鉴谓：“君臣有义，义在死节，不该偷生。王敦佐吏，虽多被胁，但进不能谏止逆谋，退不能脱身远引，有亏臣道，宜加义责。”别的或从峤议，或如鉴言，论久未决。还是明帝成心行仁，终从峤请，因而敦党皆免连坐。张茂妻陆氏，诣阙上书，语多哀思，大要上是为茂赔罪，说他不能克敌，自致阵亡，实际上是为茂请封，不过说是“略迹原心，应待恩恤”等语。明帝乃赠茂太仆，且拨库帑，怃恤遗孥。陆氏始谢恩归家。也算一个奇妇人。即而再叙前勋，命王导为太保，兼领司徒，西阳王羕领太尉，应詹为江州刺史，刘遐为徐州刺史，苏峻为历阳内史，庾亮加护军将军，温峤加前将军，惟导固辞不受。江州本由王彬镇守，骤遭易任，吏民未安。嗣经詹加意怀柔，才得翕服。