遵循这个条约，大清帝国花了100多万两银子买来的舰队，完整成了挂本国旗，服从于本国人本国舰队。并且阿思本不但是这支舰队的司令，还成了中国水兵的总司令。总理衙门本来但愿的是让英国人帮忙采办船炮，礼聘本国官兵来组建一支新式水兵舰队，但事权――批示权归本身。
阿思本舰队还没来中国，就引发了轩然大波，各大权势个人为篡夺该舰队的节制权开端比赛，这是曾家第一次拥兵自重，和朝廷斗争。曾纪泽早就提示曾国藩，要特别重视这支舰队，千万不能让此舰队落到恭亲王或满清朝廷手里。
曾纪泽感觉闭幕阿思本舰队的机会成熟了，便请曾国藩上奏朝廷，说该舰队“有害有利，已属明显，若或勉强处置，中外将恐不能相协，将来胜责相互争功，败则相互推委，设一旦激起声辩，于大局干系匪轻”。
动静传出后，朝廷表里立即一片哗然。但因急于用舰队弹压承平军，恭亲王命总理衙门仍做了极大的禁止和让步，与李泰国再三构和，颠末几次还价还价，两边另行议定了《火轮师船章程》五条，规定由中国人充当舰队的“汉总统”，阿思本降为“帮同总统”，作战时必须服从处所督抚大员的批示调遣。同时，两边还订了攻打承平军的分赃和谈：攻占南京后，所得财物“以三分归朝廷充分，以三分半归阿思本赏本国兵弁，以三分半归中国兵弁作赏；如果阿思本率舰队独占南京，则“七分阿思本充赏。”
其实在湘淮系气力派人物中，曾纪泽是与阿思本舰队打交道最多的人。在这舰队达到上海前，曾纪泽就同李泰国产生了一场狠恶的辩论。
（四）此项海军，俱是本国海军，应挂本国款式灯号。
曾纪泽大怒说：“本巡抚握有重兵10万，自进驻上海以来，扫平四周的长毛，攻占无锡、宁波、扬州等地，向来没有求过别人帮忙。如果你必然要为买船的欠款威胁我，一旦激愤了我部下的将士，你这几艘破船恐怕到不了天津就沉了。”
事情到此，已经非常明朗，清当局连最后一点浮名都保不住了，最肯让步的恭亲王也是进退两难。
恭亲王主持的总理衙门只得让步，几经周折，终究决定“闭幕阿思本舰队”。
当李泰国来到江苏巡抚衙门时，曾纪泽外出观察他的兵工厂去了。李国泰只得再巡抚衙门里苦等了两个时候，在中国大大小小的衙门里，李泰国向来还没受过如此礼遇，合法他要大发脾气时，俄然巡抚大人曾纪泽返来了。
接着，曾国藩上奏朝廷，提出阿思本“意气凌厉，视轮船奇货可居，视汉总统如堂下苍头，倚门之贱客”，“水陆将士皆将引觉得耻”，曾国荃亦提出：“长江海军帆竿如林，不必轮船会剿金陵。”
曾国藩致函总理衙门说：“购船的人把所购的船当作是本身的东西，中国获得的不是船而是批示船的洋人。”他还抱怨说，“轮船和湘军海军的长龙、舢板比拟，大小已很差异，速率也有天壤之别，如果都停靠一处，轮船比如华岳矗立，湘军的船则象众山之上，低列像似儿孙普通。”
这个《章程》一签订，当即被以为直接威胁到湘军的切身好处。曾国藩和曾纪泽等湘、淮系气力派人物分歧反对。颠末量路清军颠末十年浴血奋战，已经屯兵南都城下，大功胜利之际。曾国藩、曾国荃、曾纪泽等，都对总理衙门与李泰国的和谈大为不满。