在这么样一种背景下，恭亲王与曾国藩、李鸿章、左宗棠等人在1866年年底正式奏请朝廷在京师同文馆内添设天文算学馆，来由很明白――“洋人制造机器火器等件，以及行船行军，无一不自天文算学中来”。
其中启事在于：因为倭仁的半路杀出，培养出严峻的社会言论压力，导致天文算术馆几近招收不到甚么科举出身的“正路人”。第一次招生，“正路投考者寥寥”，恭亲王等人无法，只好把非科举出身的杂人也编到一起，统共才获得98人。测验的时候，又有26人缺考。最后勉强登科了30名，半年后的例考，又淘汰了20名“毫无服从之门生”，最后仅剩10人，不得不与外文馆门生归并。开设仅半年，天文算术馆即名存实亡。因为倭仁带头反对科甲出身的“正路人”跟班“夷人”学习算术的最首要的来由，是担忧这些科甲士人――大清帝国认识形状的中流砥柱――会被奸刁的“夷人”勾引异化，进而侵害所谓的“立国之本”；成果那些科甲出身的“词馆曹郎”，均以学算术为热诚，“竟无一人肯入馆者”，当时知识分子对传统认识形状的对峙，由此可见一斑。
奏请获得了慈禧所节制的清廷最高带领层的承认。在天文算术馆顺利进入筹办阶段的同时，一股抵抗、反对的暗潮也正在悄悄会聚。1867年3月5日监察御史张盛藻的一纸奏折，终究引爆了这场大论争。
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4月12日，倭仁再次上奏，不但对峙己见，并且反将了恭亲王等人一军。倭仁说：“详细到让夷人来传授算术这件事情，如果该王大臣确切有掌控，以为必能将算术学精通，必能将精美的机器造出来，中国的端庄读书人必不至于被夷人所操纵；夷人丑类必能被中国所毁灭，则上报君王，下伸民愤，岂不善哉！若做不到这些，却先丧失了民气品德，那就不如不开设天文算术馆。”
这一次，朝廷便不能像对待张盛藻那样。对倭仁斥退了事。因为倭仁的影响力不成忽视，上奏当天，两宫皇太后就当即召见了倭仁，但此次说话相称的不镇静。没有能够达成共鸣。因为倭仁提出来的这个“夷夏之变”的题目实在太大。随后，题目被抛给恭亲王和总理衙门。
杨廷熙的奏折遭到了朝廷谕旨的痛斥。谕旨并将病隐的倭仁指责为杨廷熙的幕后主使，要求倭仁病好以后当即到总理衙门上班。当倭仁再度上奏请病假时，朝廷顺势剥夺了其翰林院掌院学士和办理户部事件的权柄。
总理衙门对倭仁的此次打击明显4月6日，总理衙门拿出了一个极长的奏折，重申了开设天文算学馆的首要性以及招收科甲士子进天文算学馆退学的需求性。奏折里最关头的技术措置。是对倭仁一再夸大的“变夏于夷”避而不谈，而是大谈特谈危急之深和“自强”的紧急。为了给倭仁形成压力，同时还附上了曾国藩、左宗棠、李鸿章等一多量洋务大臣的奏稿函件。最后。恭亲王还将了倭仁一军：该大学士既然以为我们此举不成行，会亡国，想来必定别有强国良策。如果该大学士确切另有良策，能够压抑本国而使本国不受欺负，则臣等自当跟随该大学士，极力效力，悉心商办。如果没有其他良策，仅仅大谈特谈忠义、礼节，以为这些能够礼服洋人，臣等实在不敢信赖。