奏请获得了慈禧所节制的清廷最高带领层的承认。在天文算术馆顺利进入筹办阶段的同时，一股抵抗、反对的暗潮也正在悄悄会聚。1867年3月5日监察御史张盛藻的一纸奏折，终究引爆了这场大论争。
但作为反击，恭亲王又抓住了倭仁前次奏折里的一个缺点集合进犯。恭亲王说：“前次该大学士说，天下之大，不患无才，要学算术，也不必师从夷人。那么该大学士必定能够保荐数名流才，臣请择地另设一算术馆，由倭仁卖力揽师招生传授，以观其效果。”
应当说，恭亲王文祥等人对此举能够遭致的阻力，事前已有必然的心机筹办。在奏章里，恭亲王提早给朝廷打了一剂防备针：“论者不察，必有以臣等此举为不急之务者，必有以舍中法而从西报酬非者，甚且有以中国之人师法西报酬深光荣者，此皆不识时务也。夫中国之宜谋自强，至本日罢了亟矣，识时务者莫不以采西学、制洋器为自强之道。”
这一次，朝廷便不能像对待张盛藻那样。对倭仁斥退了事。因为倭仁的影响力不成忽视，上奏当天，两宫皇太后就当即召见了倭仁，但此次说话相称的不镇静。没有能够达成共鸣。因为倭仁提出来的这个“夷夏之变”的题目实在太大。随后，题目被抛给恭亲王和总理衙门。
同文馆设立之初，只是纯真学习英、法、俄三外洋语的黉舍。但跟着自强活动的推动，恭亲王、文祥、曾国藩、李鸿章等人开端发觉到，若要实在做到“师夷长技”，造出洋枪洋炮，就必须去学习制造道理，而要学习制造道理，则中国以经史教诲为主体的传统教诲明显已没法满足人才的需求。
总理衙门对倭仁的此次打击明显4月6日，总理衙门拿出了一个极长的奏折，重申了开设天文算学馆的首要性以及招收科甲士子进天文算学馆退学的需求性。奏折里最关头的技术措置。是对倭仁一再夸大的“变夏于夷”避而不谈，而是大谈特谈危急之深和“自强”的紧急。为了给倭仁形成压力，同时还附上了曾国藩、左宗棠、李鸿章等一多量洋务大臣的奏稿函件。最后。恭亲王还将了倭仁一军：该大学士既然以为我们此举不成行，会亡国，想来必定别有强国良策。如果该大学士确切另有良策，能够压抑本国而使本国不受欺负，则臣等自当跟随该大学士，极力效力，悉心商办。如果没有其他良策，仅仅大谈特谈忠义、礼节，以为这些能够礼服洋人，臣等实在不敢信赖。
阔别都城的士大夫，一样是倭仁的强力后盾。闻名史学家李慈铭在老仆人忧，读到邸报上登载的同文馆争辩，大发感慨，说朝廷开设同文馆，是“以中华之儒臣而为丑夷之学子”，稍有民气之人，都不会肯去退学的。现在有人去学，申明这个天下已经是“礼义尽丧，士习卑污”，大叹人道沦丧，家国可忧！(未完待续请搜刮，小说更好更新更快!
倭仁这下确切被难住了。4月25日，他不得不据实上奏，称“并无精于天文算学之人，不敢妄保”。但朝廷却明显有些不依不饶，下旨要求他随时随地留意访查，一旦找到本国精于算术之人，立即保奏，开设算术馆，以收实效。同一天，朝廷还给了倭仁一项新事情：在总理各国事件衙门行走。“行走”是个闲官，但倭仁夙来高倡“夷夏之防”，朝廷令他去专门办理夷务的总理衙门“行走”，明显是成心摧辱这位士林魁首。最后，倭仁外出时用心从顿时摔下来，以受伤抱病为由，回绝前去总理衙门上班。这场用时半年之久的高层斗争的正面抵触就此结束。