在恭亲王等人的操纵下，张盛藻的奏折被天子谕旨峻厉采纳。谕旨里说。天文算学是儒者该当学习的知识，不成视为“机巧”！
倭仁这下确切被难住了。4月25日，他不得不据实上奏，称“并无精于天文算学之人，不敢妄保”。但朝廷却明显有些不依不饶，下旨要求他随时随地留意访查，一旦找到本国精于算术之人，立即保奏，开设算术馆，以收实效。同一天，朝廷还给了倭仁一项新事情：在总理各国事件衙门行走。“行走”是个闲官，但倭仁夙来高倡“夷夏之防”，朝廷令他去专门办理夷务的总理衙门“行走”，明显是成心摧辱这位士林魁首。最后，倭仁外出时用心从顿时摔下来，以受伤抱病为由，回绝前去总理衙门上班。这场用时半年之久的高层斗争的正面抵触就此结束。
应当说，恭亲王文祥等人对此举能够遭致的阻力，事前已有必然的心机筹办。在奏章里，恭亲王提早给朝廷打了一剂防备针：“论者不察，必有以臣等此举为不急之务者，必有以舍中法而从西报酬非者，甚且有以中国之人师法西报酬深光荣者，此皆不识时务也。夫中国之宜谋自强，至本日罢了亟矣，识时务者莫不以采西学、制洋器为自强之道。”
大要上看，此次同文馆风波，朝廷和恭亲王站在一起，用行政手腕打压了倭仁一系的定见，获得了胜利，天文算术馆也得以设立。但这类“胜利”实在是很暗澹的，乃至底子称不上“胜利”，反而能够用“惨败”一词来描述！
当时闻名的洋务思惟家冯桂芬即以为：“统统西学皆从算学出”。这类观点以后看来不尽精确，但却道出了关键――要学习西方科学技术，则必须先培养具有算学、物理、化学等天然学科根基知识的知识分子，仅仅学习外语是远远不敷的。
倭仁病隐以后，争辩远未结束。倭仁一系的支撑者甚多，朝廷接二连三地接到进犯开设算术馆的奏折。有些奏折言辞非常狠恶，比方候补内阁侍读学士钟佩贤，就拿当年的天旱为由头，攻讦这是朝廷用心难堪倭仁而至；候选直隶州知州杨廷熙，则把当年久旱不雨的启事归结为朝廷开设了算术馆，乃至还扩大到对同文馆的攻讦，说同文馆这个名字是宋朝奸臣蔡京谗谄忠良的监狱的狱名，建议算术馆并同文馆一并裁撤，如此才气够根绝祸乱之萌发、端方民风教养、弥合天变、适应民气。
倭仁固然遭到了皇权的卤莽打压，但却“盛负时望”，其在士林中的名誉反较之前更高。京师的士大夫，编造了各种段子和谎言来支撑倭仁，比方在同文馆门前贴“大字报”：“混闹混闹，教人都从了上帝教”；又调侃同文馆的馆名：“未同而言，斯文将丧!”
这一次，朝廷便不能像对待张盛藻那样。对倭仁斥退了事。因为倭仁的影响力不成忽视，上奏当天，两宫皇太后就当即召见了倭仁，但此次说话相称的不镇静。没有能够达成共鸣。因为倭仁提出来的这个“夷夏之变”的题目实在太大。随后，题目被抛给恭亲王和总理衙门。