这一次，朝廷便不能像对待张盛藻那样。对倭仁斥退了事。因为倭仁的影响力不成忽视，上奏当天，两宫皇太后就当即召见了倭仁，但此次说话相称的不镇静。没有能够达成共鸣。因为倭仁提出来的这个“夷夏之变”的题目实在太大。随后，题目被抛给恭亲王和总理衙门。
倭仁病隐以后，争辩远未结束。倭仁一系的支撑者甚多，朝廷接二连三地接到进犯开设算术馆的奏折。有些奏折言辞非常狠恶，比方候补内阁侍读学士钟佩贤，就拿当年的天旱为由头，攻讦这是朝廷用心难堪倭仁而至；候选直隶州知州杨廷熙，则把当年久旱不雨的启事归结为朝廷开设了算术馆，乃至还扩大到对同文馆的攻讦，说同文馆这个名字是宋朝奸臣蔡京谗谄忠良的监狱的狱名，建议算术馆并同文馆一并裁撤，如此才气够根绝祸乱之萌发、端方民风教养、弥合天变、适应民气。
倭仁这下确切被难住了。4月25日，他不得不据实上奏，称“并无精于天文算学之人，不敢妄保”。但朝廷却明显有些不依不饶，下旨要求他随时随地留意访查，一旦找到本国精于算术之人，立即保奏，开设算术馆，以收实效。同一天，朝廷还给了倭仁一项新事情：在总理各国事件衙门行走。“行走”是个闲官，但倭仁夙来高倡“夷夏之防”，朝廷令他去专门办理夷务的总理衙门“行走”，明显是成心摧辱这位士林魁首。最后，倭仁外出时用心从顿时摔下来，以受伤抱病为由，回绝前去总理衙门上班。这场用时半年之久的高层斗争的正面抵触就此结束。
杨廷熙的奏折遭到了朝廷谕旨的痛斥。谕旨并将病隐的倭仁指责为杨廷熙的幕后主使，要求倭仁病好以后当即到总理衙门上班。当倭仁再度上奏请病假时，朝廷顺势剥夺了其翰林院掌院学士和办理户部事件的权柄。
同文馆风波清楚地揭示出：在19世纪60年代的中国，支流知识分子仍然固执地死守着传统，回绝任何窜改。