■六年春正月，筑决河堤。
玄月丙戌，奉两宫皇太后如天寿山谒陵。己丑，作寿宫。辛卯，还宫。
六月乙卯朔，日有食之。甲子，即天子位。以来岁为万历元年，诏赦天下。祀建文朝尽节诸臣于乡，有苗裔者恤录。庚午，罢高拱。丁丑，高仪卒。壬午，礼部尚书吕调阳兼文渊阁大学士，预机务。
蒲月，四川建昌番反叛，讨平之。乙巳，以军储仓火及各省灾伤，敕表里官修省。
玄月壬辰，王家屏以忧去。乙卯，停刑。己未，帑遣使振河南、山东、直隶、陕西、辽东、淮、凤灾。
十一月乙巳，祀天于南郊。
十一月丙戌，振真定、顺德、广平灾，免税粮。
■二十四年春仲春戊申，麻贵袭河套部，败之。
六月辛亥，以云南用兵，免税粮及逋赋。
仲春戊戌，免兗、青、登、莱所属逋赋。庚子，立皇后王氏。
是年，免畿内、山西被灾税粮。哈密、乌斯藏入贡。
冬十月丁卯，地再震，敕群臣修省。戊辰，停刑。
六月丁未，诸军进次宁夏，贼诱河套部入犯，官军击却之。
蒲月庚申，免先师孔子及宋儒硃熹、李侗、罗从彦、蔡沈、胡安国、游酢、真德秀、刘子翚，故大学士杨荣后嗣赋役有差。庚辰，振畿内饥。
玄月丁亥，停刑。
冬十一月辛未，湖广灾，蠲振有差。
■五年春正月己酉，诏凤阳、淮安力举营田。
冬十月癸巳，京营军官哗于长安门。
十仲春己丑，谕诸臣遇事勿得忿争求胜。
六月己卯，免畿内被灾夏税。甲申，青海部长火落赤犯旧洮州，副总兵李联芳败没。乙酉，更定宗藩事例，始听无爵者得自便。
秋七月庚午，振平、庆、延、临、巩饥。
是年，暹罗、琉球入贡。
八月癸酉，停撦力克市赏。
是年，琉球入贡。
八月戊午，祀大社大稷。
■十四年春仲春癸未，严外官馈遗。
夏四月癸卯，倭弃王京遁。
十仲春辛未，诏罢来岁元夕灯火。
冬十月乙亥，振徐州及丰、沛、睢宁、金乡、鱼台、单、曹七县水患，蠲租有差。
■二年春正月甲午，召见朝觐廉能官于皇极门。
冬十月己未，侍郎王遴、吴百朋、汪道昆分阅边防。辛酉，停刑。
秋七月，河决徐州。
三月乙卯，乞庆哈子撦力克袭封顺义王。
■四年春正月丁巳，辽东巡按御史刘台以论张居正逮下狱，削籍。
三月戊辰，宁夏致仕副总兵哱拜杀巡抚都御史党馨、副使石继芳，据城反。辛未，王家屏致仕。壬申，总督军务兵部尚书魏学曾讨宁夏贼。戊寅，赐翁正春等进士落第、出身有差。
闰十仲春庚寅，诏罢来岁元夕灯火。
六月辛丑，慈宁宫成。壬寅，建武所乱卒伏法。是月，四川松、茂番反叛。
十仲春辛酉，振榆林、延绥饥。甲戌，以大行未期，罢来岁元夕灯火及宫中宴。
冬十仲春丁卯，汰惜薪司内官冗员。是月，顺义王乞庆哈卒。
八月丙戌，以灾异敕戒表里诸臣修举实政。
冬十月乙巳，以论张居正夺情，杖编修吴中行、检验赵用贤、员外郎艾穆、主事沈思孝，免除谪戍有差。丁未，杖进士邹元标，戍边。
仲春戊寅，祀大社大稷。辛巳，诏南京职务清简，官不必备。丙申，始命日讲官分直记注起居，纂缉章奏，临朝侍班。