是年，裁各省冗官，核徭赋，汰诸司冒滥冗费。琉球、安南、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏入贡。
玄月己卯，起复张居正。
冬十一月辛酉，禁章奏浮冗。
夏四月丙寅，诏表里官行久任之法。
■二年春正月甲午，召见朝觐廉能官于皇极门。
秋七月癸未，谕廷臣，国事纷繁，致大臣争欲乞身，而后有肆行诽谤者重治。
冬十月癸亥，停刑。辛未，河南水患，蠲振有差。
六月乙未，张居正还京师。
三月癸巳，赐孙继皋等进士落第、出身有差。
六月庚申，京师地动。甲子，以灾伤停减苏、杭织造。
夏蒲月癸亥，祀地于北郊。
秋八月壬寅，严匿名揭之禁。
■四年春正月丁巳，辽东巡按御史刘台以论张居正逮下狱，削籍。
夏四月癸酉，京师地动。
冬十一月辛未，湖广灾，蠲振有差。
■二十一年春正月甲戌，李如松攻倭于平壤，克之。辛未，王锡爵还朝。辛巳，诏并封三皇子为王，廷臣力图，寻报罢。壬午，李如松打击王京，遇倭于碧蹄馆，败绩。
玄月丁亥朔，日当食，阴云不见。己丑，停刑。
夏四月己巳朔，日有食之，既。壬申，书谨天戒、任贤达、亲贤臣、远嬖佞、明奖惩、谨出入、慎起居、节饮食、收放心、存畏敬、纳忠告、节财用十二事于座右，以自警。
六月丁亥朔，日有食之。壬寅，振太原、平阳、潞安饥。乙巳，前礼部尚书潘晟兼武英殿大学士，吏部侍郎余有丁为礼部尚书兼文渊阁大学士，预机务。晟寻罢。丙午，张居正卒。
秋八月丙辰，榜张居正罪于天下，家眷戍边。
是年，琉球入贡。
冬十月丙申，停刑。
蒲月辛丑，穆宗神主祔太庙。
■六年春正月，筑决河堤。
是年，安南、琉球、暹罗、土鲁番入贡。
闰八月乙丑朔，日有食之。丁卯，大学士赵志皋请视朝，章奏，罢采矿，不报。
是年，安南、乌斯藏入贡。
六月癸未，松茂番平。是夏，振直隶、河南、陕西及广西浔、柳、平乐，广东琼山等十二县饥。山西盗起。
三月乙未，赐朱之蕃等进士落第、出身有差。
八月庚申，以灾沴频繁，敕抚、按官惩贪吏，理冤狱，蠲租、振恤。
冬十月己亥，土蛮犯广宁、义州，李成梁御却之。
冬十月癸巳，京营军官哗于长安门。
十仲春己未，振辽东饥。
十仲春壬辰，寺人冯保谪奉御，籍其家。壬寅，复建言诸臣职。
三月癸卯，诏修国史。夏四月己酉朔，日有食之。
■十六年春三月壬辰，诏改《景天子实录》，去郕戾王号，不果行。山西、陕西、河南及南畿、浙江并大饥疫。
冬十月甲寅，决囚。丁卯，视朝阅铨选。
夏四月乙未，免湖广、四川逋赋。丙午，诏户部岁增金花银二十万两。
六月乙丑，振承天、汉阳、郧阳、襄阳灾。
六月甲申，浙江大风，海溢。己丑，永昌乱卒平。乙巳，南畿、浙江大旱，太湖水涸，帑金四十万振之。
冬十月己未，南京兵部右侍郎邢玠总督川、贵军务，讨播州宣慰使杨应龙。丁卯，诏倭使入朝。是月，炒花犯辽东，总兵官董一元败之。
十仲春丙辰，蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事，召宋应昌、李如松还。