按东汉轨制，三公掌谋议国之大政。太尉的首要参政路子就是与司徒、司空共同会商天子交议的国政，定议后会衔上奏。东汉一朝，仅见牟融、徐防以太尉录尚书事，与太傅参决政事。这申明太尉除非被任命为录尚书事，并没有决定政务的权柄。
东汉九卿均于官称上加“卿”字，如太常卿等，秩中二千石。除此以外，东汉九卿与西汉分歧者另有：1、光禄勋除西汉的五官中郎将、左中郎将、右中郎将、虎贲中郎将、羽林中郎将以外，增置东中郎将、北中郎将、西中郎将、南中郎将。2、少府尚书改称尚书台，由西汉的常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹改成六曹：改常侍曹为吏曹，增三公曹，将主客曹分为南主客曹与北主客曹。尚书台增设摆布丞二人，诸曹侍郎各六人，令史诸曹各三人，事件繁剧的曹增令史各三人。尚书台构造较西汉尚书要首要、庞大的多。
汉光武帝即位，置大司徒官，卖力群众教养，掌礼节诸事。与太尉、司空共同会商天子交议的国政，定议后会衔上奏。
东汉任命三公多以着名经师为之，以鼓吹经术治国的理念。实在不过是政治花瓶罢了。天子以尚书参决政务，并不以实权付三公。因三公以硕儒经师居官，以是常常要为很小的不对承担非常严峻的任务，以示高节。比方：宋弘为大司空，在位五年，因考核上党太守无所根据而免官。伏湛行大司徒事，以冬祭高庙（汉高祖刘邦的宗庙），因河南尹与司隶校尉在庙中争辩失礼，而伏湛没有上奏此事，免官。汉光武帝对大臣非常峻厉、刻薄，韩歆为司徒，以直言忤旨，免官遣归乡里，与其子皆他杀。以后，欧阳歙、戴涉接踵任大司徒，了局都是论罪下狱、被正法。
将军
汉光武帝即位，置大司空官，卖力水利工程、城防修建、宫室修建等事件。与太尉、司徒共同会商天子交议的国政，定议后会衔上奏。
诸州沿西汉汉成帝轨制，设州牧一人，秩二千石。建武十八年（公元42年）改刺史，秩六百石。汉灵帝中平五年（公元188年），再改州牧，秩二千石。东汉刺史有牢固的驻地和官署，纠劾所部太守县令不必如西汉轨制上三公按验，能够直接夺职之。改州牧后，兼领军政，位高权重，有点近似于唐朝的节度使，而统领地区的广漠，又不是节度使所能够比拟的。
汉光武帝即位，置大司马官，卖力天下军官的考核，每岁末，评定等次，上奏天子，作为军官升迁、降调的根据，当时有大司马吴汉。
郡太守秩皆二千石，只要河南郡因京师地点，长官称河南尹，位比九卿，秩中二千石。诸郡各置丞一人，位次太守，秩六百石，卖力民政事件；边郡（就是设置在边疆地区的郡）另置长史一人，秩六百石，卖力军政事件。长史之下有司马一人，卖力详细军事批示。东汉本地不设郡都尉，以太守领兵。边郡置都尉或属都城尉领军并辖县，职位略与本地较小的郡相仿。如汉和帝永元元年（公元89年），置西河属都城尉、上郡属都城尉；永和十五年（公元105年）置辽东西部都尉；汉安帝置右扶风都尉、京兆虎牙都尉等。
东汉将洛阳以外的地区分别为十二个州，各遣刺史一报酬长官。另以京兆、左冯翊、右扶风、河东、河南、河内、弘农七郡为司隶校尉辖区，称司隶部（汉朝州也称部）。