吕布为当时名将，先为董卓部将，后与王允定计诛杀董卓。一番交战以后，当时只要鄄城（今山东鄄城）和东郡的范（南范县）、东阿（今山东阳谷）两县尚在曹操把握当中，别离由司马荀彧和寿张令程昱、东郡太守夏侯惇等死守，情势非常危急。
仲春，被联军击败的董卓勒迫献帝迁都长安（今陕西西安西北），本身则焚毁宫室，挖开王陵，劫夺群众，导致洛阳周遭200里荒凉凋敝无复火食。
曹操将吕布、陈宫、高顺等人正法，收降吕布部将张辽以及泰山豪杰臧霸、孙观等人，开端节制了徐州。
建安二年（197年）正月，曹操讨伐张绣，军队驻扎在淯水，张绣举众投降，旋即复叛，宗子曹昂、侄子曹安民、虎将典韦战死。
陶谦退守郯县，不久曹操军粮将尽，撤围回军。次年夏，曹操再征徐州，略地至东海。
因而何进便召时任并州牧的董卓进京，勒迫何太后同意。但是此举打草惊蛇，董卓尚未到达都城，何进已被寺人动手行刺。
曹操征徐州期间，所过大肆殛毙，一起上“鸡犬亦尽，墟邑无复行人”。这时，东郡守备陈宫对曹操不满，因而与陈留太守张邈、张邈之弟张超、处置中郎许汜及王楷划一谋兵变，迎吕布为兖州牧。
初平四年（193年）春季，曹操在匡亭六百里大追击大败袁术、黑山军、南匈奴。徐州牧陶谦率军攻入兖州南部的任城，曹操率军征讨陶谦霸占徐州十余城。
建安三年（198年）四月，曹操遣谒者裴茂率中郎将段煨讨李傕，夷三族。玄月，曹操东征徐州，打击久与他为敌的吕布。
回至酸枣，曹操建议诸军各据要地，再分兵西入武关（今陕西丹凤东南），围困董卓，关东诸将不肯从。关东诸军名为讨董卓，实际各自心胸鬼胎，意在乘机生长本身权势。
建安四年（199年），曹操派史涣、曹仁击破张杨旧部眭固，获得河内郡，把式力范围扩大到黄河以北。
当时天下狼籍，先是产生了冀州刺史王芬结合南阳许攸、沛国周旌等处所豪强，运营废黜灵帝立合肥侯的事件。
曹操之前历任国相皆置之不问，曹操到职，大力整饬，一下奏免非常之八的长吏，济南震惊，赃官贪吏纷繁逃窜，“政教大行，一郡清平”。
同年玄月，董卓入京，执掌朝政，把汉少帝废为弘农王，而改立其弟陈留王为汉献帝，又派人把弘农王母子毒死，自称太师，专擅朝政。
初平元年（190年）正月，袁术等人共推渤海太守袁绍为盟主，曹操任代理奋武将军，插手讨董军。